起诉书还指出，曹文庄在核发药品批准名号及药品审批的过程中，收受钱财，降低审批标准，降低了国家机关的公信力；在申请药品经营许可证、办理药品进口许可等方面，降低审核标准，造成药品管理混乱，降低了国家机关的公信力，情节特别严重，涉嫌玩忽职守罪。
当时每年有上万种新药和“换名涨价药”，要由国家药监局审批，曹文庄作为药品注册司司长具体掌管这一大权，成了医药企业公关的重点对象。
据悉，曹文庄的罪名与他的上司郑筱萸一样涉嫌犯受贿罪和玩忽职守罪。检方对其玩忽职守罪指控认为，在药监局推行GMP认证和“地标”转“国标”时，降低审核标准，造成药品管理混乱，提高了百姓的用药风险，降低了国家机关的公信力，情节特别严重。目前全国万个药品批准文号中，有15万个是曹文庄任期内办理的。
有媒体披露称，案发后，在西城检察院接受讯问时，曹文庄态度十分狂傲，他说，要是能把我查出问题来，中国就没有清官了。
在法庭审讯中，对于检方的4笔受贿指控，曹文庄全部推翻。对于检方的玩忽职守指控，曹文庄同样予以否认。据悉，曹文庄委托的2名律师参加了开庭。法庭上，就受贿罪名，律师作了证据不足的辩护；对玩忽职守罪，作了无罪辩护。
曹文庄被一审法院以受贿罪和玩忽职守罪判处死缓。一审法院在判决中采纳了曹文庄律师的一条辩护意见，即曹文庄检举揭发他人，有立功表现，依法可以从轻或减轻处罚。
8月28日，北京市高级人民法院维持了一审法院对国家药监局药品注册司原司长曹文庄的死缓判决。
曹文庄的命保住了，有网民为此愤愤不平，认为姓曹的也应该给毙了，这样才能平民愤！
公正地说，他的罪名虽然与郑筱萸相同，但他毕竟只是一个部门的负责人，是政策的执行者，负责政策制定的是他们的局长郑筱萸，他是我国医药监管的最高行政首长。
曹文庄没有被送上断头台，在许多人看来已是不幸中的万幸了，可他却不领情。不仅在法庭上全盘否定了检方的指控，还坚持认为自己是个清官。从差一点就见了阎王，到中国的清官，二者的距离也太远了吧，可见在一些人的眼中，对受贿罪和玩忽职守罪见仁见智。至少在中国，至少博士曹文庄就有这样离奇古怪的认识，这是发人深省的一个小小的插曲。
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郑筱萸和他的秘书们 第六节（1）
6。在中国医药界，有两位一人之下万人之上的显赫人物，他们掌管着中国药品和医疗器械审批的生杀大权，只要找到他们就等于攀上了财神，财源滚滚
曹文庄自称“清官”，不知他心目中的清官是什么样的概念。沿着曹文庄的履历追寻会发现，不论是出于上进还是对知识的渴望，曹文庄在参加工作后，自感到在商学院中药系学的那点知识实在算不了什么，步入仕途的曹文庄显然感到他的学历无法胜任要职，于是他像时下许多官员一样在政法院校攻读了法学博士。
搞的是中医药监管，却去学法律，在选择专业时，曹文庄肯定是动了一番脑筋的，是为了增长自己的法学知识，还是有其他想法，一般人不得而知，更奇的是他的博士毕业论文，不知是巧合还是预感到了什么，令人惊异的是，论文竟然是《论贪污罪和受贿罪的主客观要件及犯罪构成》。不仅选题是贪污罪和受贿罪，还论述了“主客观要件”“犯罪构成”，看来曹博士对这篇论文的选题真正是下了大工夫。
也许这篇论文发表后使许多贪官读了受到教育，挽救了他们在犯罪的泥潭中越陷越深，但具有讽刺意味的是，法院在量刑时对如此重要的论文竟然忽略不计，对这位博士“清官”的判决就是受