部的秘书一样，曹文庄做事周到细致，小心翼翼，加上他办事稳妥城府很深的个性，很快便赢得了上至“老板”下至同僚的满意，他的仕途也展现出一派喜人景色。果然，在担任了一个时期秘书后，曹文庄担任了局办公室主任、局人事司司长等职。
2002年，曹文庄结束了秘书生涯，担任国家药监局药品注册司司长的要职。
药品注册，就是药商们俗称的“批药号”，在医药企业，人们都知道，拿到了药号就等于拿到了金山，没有药号，企业就无法生存。而掌管药号的是谁——曹文庄。他掌管了全国药品审批文号的大权，在他所上任的那个时刻，在许多人看来，药品注册司司长是药监局最具实权的岗位，这个岗位尽管只是司局级，但其中的含金量简直无法估算。
权力是柄双刃剑，当绝对的权力给他带来无尚荣耀的同时，也无情地戳破了他的幸福人生，使他的命运驶入了歧途。
2006年1月12日晚，北京郊区的宽沟。正在主持2006年全国食品药品监督管理工作会议的曹文庄，被侦查人员从会场上带走。时年44岁的曹文庄被中纪委“双规”。
郑筱萸和他的秘书们 第五节（2）
由这一天命名的“1·12专案组”开始了紧张的办案工作，药监系统的窝案、串案一一暴露在办案人员面前。先后查处的有药品注册司助理巡视员卢爱英、国家药典委员会常务副秘书长王国荣。
曹文庄等人受贿案是如何败露的呢？网上流传的各种信息不一而足，有的说他疯狂寻租，导致天怒人怨，东窗事发；有的说他妻子过于张扬，大肆索贿，终致入狱。有一种较为可靠的消息称：曹文庄等人的落马，缘自一家国外制药企业的举报。
中国医药市场乱象丛生，监管官员大肆寻租，不仅使国内医药企业怨声载道，有意进入国内市场的国外药企也极为不满，市场经济规则的严重破坏打破了公平竞争的法则，使这些境外企业损失惨重，于是，一家境外药企首先站了出来，以确凿的证据在境外媒体上揭露了几家企业向中国国家药监局官员行贿20万欧元的丑闻。
一石激起千重浪。
报刊、网站纷纷转载，响应者发帖予以声援，一时间舆论闹得沸沸扬扬。这些消息引起了中国政府的关注，曹文庄等人开始进入中央纪检部门的视野。
据有关人士透露：曹文庄被“双规”后，口风很紧，与办案人员百般周旋，就是不肯吐露实质性问题。办案人员加大了心理攻坚力度，申明大义，晓以利害，收到成效。
2006年春节期间，已经关押了一个多月的曹文庄态度出现积极变化，开始对自己的问题进行交代。他找到律师，就有关检举立功方面的问题进行详细咨询。从那时起，郑筱萸进入专案组的视野，随着专案组的初步核实，郑筱萸的腐败问题暴露出来。
一位权威人士透露，郑筱萸案是在查办该局一批局处级干部违纪违法问题时，发现了他本人的违纪线索，进一步深挖出来的。
对此，中纪委副书记、中纪委秘书长干以胜表示，我们高度重视在查办案件中发现的线索，特别是有关涉案人员交代的线索，对有关线索进行深挖细查，对“案中案”抓住不放，查处了一批“窝案”“串案”。
2007年6月21日，曹文庄被押上了审判台。
有目击者描述：曹文庄穿着一件浅色衬衫，戴着眼镜，显得文质彬彬。检方指控曹文庄在任药品注册司司长期间，利用手中的权力，在为企业药品办理注册审批事项过程中，于2003年至2005年间，接受请托，为两家制药企业在药品审批等方面谋取利益，非法收受人民币150万元、美元8万元，共计折合人民币约230万元，数额特别巨大，情节特别严重，涉嫌受贿罪。