，罪六；陷城失律，宽议抚臣，罪七；马上催战，覆没全师，罪八；徇私罔上，阁臣蒙羞，罪九；代营征税，蠹国殃民，罪十。此外惠世扬还罗列了方的三大失误：对郑妃求封太后依违两可、听任李选侍久居乾清宫、为崔文升脱罪为李可灼拟赏。
此时已被起用为刑部右侍郎的邹元标，在入京途中也上疏弹劾方从哲，他讲的比较实事求是。他指出方从哲秉政七年，对国事无大的辅助，特别是辽战中力主速战，导致数万生灵血染沙场。此外党同伐异，尽除朝中清流，偏向郑妃，致使朝中凡同情东宫者，往往被称为小人，此是何等令人不平的景象？……
对言官的兴师问罪，方从哲并不一一辩解，虽然他明知有些罪名言重了，譬如惠世扬的奏疏，但他还是保持了沉默，只是一次又一次上疏请求辞官。皇上先是挽留，并下谕责备惠世扬“诋毁” ，可方从哲执意引退，辞疏多达六次，皇上最后只得应允了，他降旨进封方从哲为中极殿大学士，赏赐银币、蟒衣，并派遣行人（八品官）护送回籍。
其实，方从哲心里很清楚，自己出“阁”只是时间早晚的事儿，小皇帝已多次派人去福建征召叶向高了。自己与叶大人相比，无论从资历上，还是从治国能力上，都相差甚远，叶只要一入京，必是首辅！叶一向又与东林党人过从，那内阁中的刘一燝韩广必受重用，自己只能甘居末位了，不如走为上策 ？……何况自己天生就是一个知难而退的人，不喜欢与人争执，这些年国家多事，自己当这个首辅已是勉为其难了，早一点儿引退倒不失为明智的选择。
就在方从哲致仕的当月，在“移宫”中立下汗马功劳的杨涟，也请辞回乡了。
原来早在李选侍移宫当日，就有人四处造谣，说选侍被逼打算上吊自缢，说皇八妹，即选侍之女、皇上之妹，被逼投井？……御史贾继春便乘机上疏为选侍鸣冤，他打抱不平说“移宫”原是正理，何必立时驱逐 ？ 还摆出一副悲天悯人的面孔，说“伶仃之皇八妹入井谁怜 ？ 孀寡之未亡人自缢莫诉？”小皇上听了他的奏疏很是生气，降旨责问：“自缢入井等语有何凭据 ？”给事中杨涟是整个移宫过程的目击者，为澄清事实，他连夜写了《敬述移宫始末疏》，说明了移宫的初衷及事件的来龙去脉，并针对有人诬蔑自己在移宫中的表现，是“结王安，图封拜” ，在疏尾用了八个掷地有声的字表明自己的心迹：“九庙神灵，鉴此热血！”此外，他还请求皇上善待李选侍及皇八妹。
朱由校听秉笔太监读了杨涟的奏章，表示赞同，次日他郑重下了一道谕旨，强调说正如杨涟所奏，朕不得不申谕以释群疑，接下来他回顾了自己多次遭遇李选侍逼迫的情景，痛呼“当避宫乎，不当避宫乎 ？”最后，他表示对李选侍还要“厚养” ，以尊父皇之意。
本来事情到了这一步，就该告一段落了。可御史贾继春又节外生枝，变本加厉地攻击开了杨涟，他诬说杨涟在移宫中卖大力气，以至声震御坐，是为了入阁做阁臣，杨涟听后，气得胡须根根直立。为进一步表示自己的无私忠君，他接连上疏要求辞职。小皇帝一直很看重杨涟，移宫当日就曾对王安说：“那胡子官，真忠臣也 ！”眼下他很理解杨涟的处境，便下旨准其回籍调养！而对无事生非的贾继春，朱由校也下了一道旨：贾继春削职为民，永不复用 ！
方从哲、杨涟都是在十二月出京的，就是在这岁末年底，魏进忠被任命为司礼监秉笔太监。
听到这个消息，王安大吃一惊，他清楚司礼监是内宫十二监之首，统管东厂、内书房、礼仪房，设掌印太监一员秉笔太监###员，掌印太监可与内阁首辅相提并论，第一秉笔太监如再兼管东厂，其地位相当于次辅。按明制，秉笔太监须由宫内读过书的太监担任。凡朝臣奏本，除皇上御笔亲批数本外，其余皆由