丽·路易丝举行盛大的婚礼仪式以前，他就已经占领了几乎整个西班牙北部。而实际上，在法国军队的保护下，归约瑟夫直接掌握的仅有新卡斯特尔、塞哥维亚以及中部的艾维拉。
尽管法国军队的政客及统帅都直接从西班牙人身上搜刮赋税，但军队的负债现象已远远超出了控制，每月，巴黎方面将2000万～3，000万法郎用于直接镇压西班牙起义及其军队。除埃及战役，拿破仑以前从未坚持过要月复一月、年复一年地对某一特定的国家实施长期的作战计划。在荷兰、德意志、普鲁士、奥地利和意大利等地拿破仑都曾有过战争，但战争的规模和时间都难以和伊比利亚相比，通常为几个月而已。在伊比利亚，有近25万～30万法国军队参与了这场持久战。战争的伤亡人数在不断增加； 战争开支亦在不断增多。“西班牙战争的开销对我而言过于沉重了。”1810年拿破仑向约瑟夫这样警告道，但拿破仑并没有承认失败，相反继续扩大军队人数，增加军费开支。“陛下正在对这个国家加重负担，而这一重负我们已无力承担下去了。”约瑟夫绝望地说道。
和荷兰的路易以及威斯特伐利亚的热罗姆一样，可怜的约瑟夫身上的重担日益增加，拿破仑处心积虑地想要把他的兄弟榨干，使他们陷入了羞辱之中；另一方面，拿破仑毫不隐瞒他想要成为独立的葡萄牙王国国王的野心。然而，法国军队的主要统帅如内伊、马塞纳、马尔蒙在大多数情况下都对拿破仑的命令听而不闻，只有儒尔当元帅支持他。另一方面，各地的游击战也将约瑟夫国王和法军搞得焦头烂额，他们已成功地打击了装备良好的法国纵队，截获了他们的军需供应。
整个西班牙战争期间，约瑟夫的表现让拿破仑很不满意。西班牙对法国的憎恨将消失，约瑟夫最初曾这样想，他们会看到法国带来的“更加明智、更加自由的法律，这一切比以往的宗教政策更加适应时代的潮流”。然而，当约瑟夫到达马德里，亲身经历了当地的反法起义并亲眼目睹西班牙人民的反法起义被缪拉的军队残酷镇压之后，他的态度有所转变了。约瑟夫也很快发现在民族战争期间是没有自由思想的空间的，目前为止，西班牙已经整个成为一个战场了。这块土地已备受战争的创伤，而约瑟夫想要缓和西班牙人民所受的磨难的良好愿望在这个国家结束同法国的战争以前是无法实现的。约瑟夫再次向拿破仑恳求终止战争，以用仁爱与信任来赢得西班牙人民的拥护。拿破仑对约瑟夫这一可笑而“幼稚”的想法的反应十分暴躁，他逐步剥夺约瑟夫的实权，甚至解除了约瑟夫的总指挥儒尔当元帅的职务，而用包括苏尔特和马塞纳这样的亲信取而代之——这两人公开表示服从拿破仑并拒绝听从约瑟夫的命令。很快，几乎再没有一个驻伊比利亚的法国将军或元帅愿意听从约瑟夫的命令了。
约瑟夫自己也越来越少接见法国官员了，反而亲近西班牙官员，再一次步上了荷兰的路易以及威斯特伐利亚的热罗姆的后尘。不久，“傀儡约瑟夫国王”就成了巴黎的敌对势力。“皇帝陛下已成为以约瑟夫国王为首的宫廷所嘲讽的对象了。”塞巴斯蒂安尼将军向拿破仑这样报告道。愤怒的约瑟夫毫不掩饰他作为国家及家族统领的权力。“约瑟夫仍深信他是我大哥，他仍想要这个波拿巴家族族长的头衔——还有比这更荒谬的事吗？”拿破仑这样评论道。拿破仑的军队在伊比利亚半岛所遇到的一连串的挫败只会加剧两兄弟间的对立和伤害，他们彼此都认为自己是可怜的牺牲者。“眼下，西班牙的公众对我们已是完全敌对了。”约瑟夫这样告诉仍留在巴黎而不愿前来西班牙的朱莉王后。拿破仑不得不开始听从他的劝告了。“告诉皇帝陛下，提醒他目前的情况已十分危急了，他那伟大的荣誉、权力乃至他的子孙也将处于相同的境地，他的情况比我还糟糕。”“在此种情况下，我在这里的理