6日前与普军决战。拿破仑作战的一大弱点就是缺乏可靠的军事情报，特别是在这场战役中，照说他的德意志同盟以及他在柏林和普鲁士军中的直接内应应该能够为他提供及时准确的情报。
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接到达武、奥热罗和缪拉送来的大量报告之后，在13日上午9点，拿破仑终于意识到整个普军已经向北转移。他立即向达武、拉纳、内伊、苏尔特和贝纳多特发布一连串的命令，做好在耶拿决战的准备或是追击逃跑的普军。下午3点，正在向耶拿城前进的拿破仑接到拉纳的报告，说法军已经占领耶拿城。拿破仑进行了最后的战略部署，决定将仍然处于魏玛附近和耶拿之间的普军主力一网打尽。
实际上，拉纳的第五军团在当天的早上就一举攻下了耶拿，普军慌忙逃窜，拿破仑在下午赶到耶拿城北和拉纳会合。拿破仑传令苏尔特和内伊率部迅速赶到耶拿，并命令其他各部占领耶拿北面的高地，在该高地上拿破仑配备了42门重炮。拿破仑认为布伦瑞克的军队已全部陷入包抄，便命令在瑙姆堡西部的达武和贝纳多特（以及缪拉的骑兵师）长途急行军赶到阿波尔达以断绝普军后路。10月14日拂晓6点，大雾弥漫，拉纳开始进攻。拿破仑万没有想到，此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北撤了。法军一开始就占了上风，霍恩洛厄的几个师遭到沉重的打击。拉纳军继续攻击前进。11点，内伊军团赶到参战。霍恩洛厄没有抓住机会突围，而是等待瑞歇尔将军的援军到来；可是瑞歇尔的援军却姗姗来迟，在法军发动进攻的两小时期间，其损失十分惨重。
到12点30分时，拿破仑在前线的兵力已经达到5万多人，而且还有4万多人的后备力量，包括缪拉的骑兵团与内伊和苏尔特从南部和西部调来的部队。法军正式发起进攻，将预备队、近卫军和骑兵团全部投入战斗。
霍恩洛厄意识到法军的力量远远超过了自己，于是命令向北撤退，朝魏玛方向逃跑。到下午3点，耶拿战役法军已经稳操胜券。一小时后，缪拉在通往魏玛的路上追击普军，奥热罗的军团紧随其后。他们不抓俘虏、不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大多成了法军的刀下之鬼。苏尔特也将普军的其余残部全部歼灭。
拿破仑命令清理耶拿战役的战果：法军死伤5；000人，普军死伤1万人。直到那天晚些时候，拿破仑返回耶拿城时才得知他的9万多人所击败的根本就不是普军主力。而达武元帅率领的26；000人的第三军团在奥尔斯塔特却遇到了比他人数多出一半以上的、由布伦瑞克指挥的普军主力。
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第二十五章 皇帝的进行曲（5）
达武和贝纳多特在10月14日凌晨4点接到拿破仑的命令，要他们放弃瑙姆堡和奥尔斯塔特之间的北部地区，朝南进军以协助他攻打耶拿。14日6时，达武的先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫。两军对峙，达武陷入了布伦瑞克63；000人和230门火炮的重围之中。其左翼居丹遭到由布吕歇尔③的骑兵和步兵做后盾的4个普军军团的攻击。达武的处境十分危险。
就在奥尔斯塔特附近、正在朝耶拿前进的贝纳多特军接到了达武的求救信，贝纳多特借口不能违抗拿破仑的命令而拒绝前去助达武一臂之力，贝纳多特历来不喜欢达武。这是在拿破仑的重大战役中第一次出现将领相互见死不救的情况。此后，类似的事情将时有发生，这会使法国和法国的大军处于十分危险的境地。
贝纳多特军继续懒洋洋地朝耶拿城前进，很晚才到达——这是惟一一个在这次战役中成功地躲避了两场血腥大战的军团。拿破仑对贝纳多特不去援助达武以及迟迟才赶到耶拿