克數鎮,直逼奧倫堡。起義軍節節敗退,直到布祖盧克鎮失守後,普加喬夫才決定從奧倫堡附近撤出部分兵力,以圖阻止政府軍的推進,然而,為時已晚。1774年3月22日,起義軍主力在塔季謝瓦要塞附近的總決戰中失利,約2000人陣亡,4000人受傷被俘,火炮全部損失。在這之後的幾次交戰中,起義軍接連失利,普加喬夫身邊的將領許多被俘。4月1日,起義軍又在薩克馬臘鎮慘遭失敗,普加喬夫率領一支500人的隊伍殺出重圍,隱藏在烏拉爾深山叢林之中。第一階段以起義軍的失敗而告終。
第二階段(1774年4月‐1774年7月),1774年4月,普加喬夫在烏拉爾各廠礦和巴什基里亞招募新軍,以重整旗鼓再戰。起義軍主力很快增加到5000人,遂於5月5日攻占了馬格尼特要塞,隨即溯雅伊克河而上,於5月19日攻下特羅伊茨克要塞。5月21日,政府軍在特羅伊茨克要塞擊敗起義軍主力部隊,普加喬夫被迫撤到烏拉爾草原地區。1774年6月中旬,起義軍前進到伏爾加河,6月17日,占領了克拉斯諾烏菲姆斯克。6月21日,起義軍攻打奧薩,打開通往喀山的通路。在巴什基里亞人的幫助下,起義軍渡過卡馬河,相繼連克數鎮,直逼喀山。此時,起義軍主力已增加到8000人,沿途又有7000人投奔起義軍。
喀山城內,政府軍主力被抽調到巴什基里亞和烏拉爾,防務空虛,普加喬夫乘勢兵臨喀山城下,於7月12日,攻占喀山外城,但設防堅固的內城久攻不下。沙皇政府及時派援兵接應,經過阿爾斯克原野的激戰,於7月15日擊潰起義軍。
起義軍慘敗,陣亡2000人,受傷和被俘數千人,火炮和彈藥喪失殆盡。為擺脫追擊,普加喬夫帶領一支小部隊逃抵伏爾加河上游。
第三階段(1774年7月‐1775年1月)。普加喬夫抵達伏爾加河流域,當地廣大農民紛紛加入起義軍,很快農民起義運動席捲伏爾加河流域多數地區並向莫斯科省邊界蔓延,直接威脅莫斯科,嚴重震撼了沙皇政府。然而,普加喬夫放棄了向莫斯科的進軍,離開了農民運動規模最大的地區轉而南進,以圖在頓河得到哥薩克補充後再向俄羅斯中心地區進軍。7月19日,起義軍占領喀山西部的齊維爾斯克,7月20日,占領庫爾梅什,隨後連克阿拉特爾、薩蘭斯克、奔薩、彼得羅夫斯克、薩拉托夫等地。8月21日,起義軍主力進抵察里津。此時,起義軍已擴大到1萬餘人。
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