知义阳危机，齐明帝萧鸾先派左卫将军崔慧景、宁朔将军裴叔业领兵迎战。听到北魏军队分兵攻打义阳后，又派遣萧衍和平北将军王广之领兵救援。可是，当部队行进到距义阳一百里的地方时，听说北魏军队人强马壮，齐军将领们都畏惧魏军的强大，再也不敢前进了。
这时，萧衍挺身而出，主动要求担任先锋。王广之见状大喜，将手下精兵悉数交付萧衍。萧衍率军连夜进发。他避开大路，专取捷径，很快抵达义阳城外的贤首山，然后命令士兵将旗帜插满了山上山下。此地距魏军阵地仅有几里路程，但齐军抵达时，魏军根本没有发觉。
等到天一亮，魏军突然发现贤首山上遍插齐军旗帜，因为不明齐军虚实，所以不敢轻举妄动。而义阳城中的齐军看到后，以为重兵已经赶到给他们解围来了，于是士气大增。司州刺史萧诞下令打开城门，亲率齐军扑向魏军大寨，同时顺风放火。萧衍见状，也率山上齐军冲下山来。萧衍亲自上阵，摇旗擂鼓助威，齐军士气高昂，个个奋勇杀敌。魏军腹背受敌，顿时大乱，自相践踏，死者不计其数。山谷间到处都是魏军的尸体，鲜血把河水都染红了。王肃、刘昶弹压不住，只好退走。齐军最终取得了这场战役的胜利。
清点战利品时，一个士兵发现了一箱文件，连忙献给主将。这些文件中有一封北魏孝文帝刚刚发来的敕书，敕书上写道：“听说齐军中有一个名叫萧衍的将军，非常善于用兵，你们如果和他相遇，一定要倍加小心，最好是坚壁不战，等我率大军赶来。如果上天保佑，擒得此人，则江南不难平定。”这个消息很快在齐军中传播开来。从此，萧衍的声威大振。萧衍也因战功而升任太子中庶子。
497年10月，北魏孝武帝亲自率领大军进攻雍州（今湖北襄阳）。雍州在当时控扼南北，为汉水上游重镇。雍州刺史曹武率众抵抗，屡为魏军所败。齐明帝连忙命萧衍和右军司马张稷赴援。接着，又命度支尚书崔慧景总督雍州诸军。他们到达襄阳时，雍州的五个郡已被魏军攻陷。
次年三月，齐军进驻邓城（今湖北襄樊市北）。北魏孝文帝率十余万魏军突然杀到。萧衍和崔慧景领兵与北魏军作战，在雍州西北的邓城被北魏的几万铁骑兵包围。萧衍知道城中粮草和枪械缺乏，就对崔慧景说：“我们远道征战，本来就很疲惫，需要休整，现在又遇到强敌围困。如果军中知道粮草缺乏的实情，肯定会发生兵变。为防万一，我们还是趁敌人立足未稳，鼓舞士气杀出重围为上策。”
崔慧景虽然心中忧虑胆怯，但表面上却假装镇静：“北方军队都喜欢游动作战，他们不会夜里攻城的，不久自然回退兵的。况且，我军新败，士卒缺乏斗志，此时主动出击，无异于以卵击石。”否定了萧衍的意见。
魏军集结完毕后，便向齐军展开冲击。崔慧景见魏军势众，惊惧失色，便想引军退走。萧衍扣马极谏，崔慧景坚持不从，命士卒打开邓城南门，狼狈向襄阳方向逃走。其他各部见统帅溜了，也纷纷逃散。在经过离邓城不远的闹沟时，败兵争先抢渡，魏军乘势掩杀，齐军死亡无数，闹沟几乎为之断流。
萧衍见各路齐军全部逃走，只得整齐队伍，且战且走，也向襄阳方向退去。由于平日约束得法，尽管值此败军之际，部队伤亡甚大，萧衍却仍然全师而归。这次战役后，齐明帝以萧衍为辅国将军，代理雍州刺史。这是永泰三年（498年）七月的事。过了几天，齐明帝便死掉了。
萧衍到任后，延揽人才，积极经营，实力迅速膨胀，从此就有了一块固定的根据地，为他几年后东下灭齐、建立梁朝奠定了基础。
反对东昏侯
齐明帝萧鸾在位只有五年就病死了，他的儿子萧宝卷即位，这就是无能的东昏侯。萧宝卷即位后，以扬州刺史始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、右仆