農民以及下層教士接受上述教義，成為加爾文派新教教徒，被稱為胡格諾派。據估計，16世紀下半葉，法國人口約1800萬，新教法庭27萬多個，新教徒100多萬人。祈教派在南部、西南部力量較強。一些對王權專制不滿的貴族為牽制王權，支持胡格諾派，覬覦王位的顯貴也趁機宣布改信新教，這些人的突出代表就是納瓦爾為首的波旁王朝家族。
胡格諾戰爭的直接原因是宗教迫害。16世紀40年代，亨利二世指定特別法庭懲辦異端，大批胡格諾派人士被處以火刑。1559年，年僅15歲的太子弗朗索瓦二世繼位，實權落在軍功顯赫的吉斯家族手中，新舊教派之間的衝突驟然加劇。
1562年3月1日，吉斯公爵率軍隊在瓦西鎮屠殺舉行宗教儀式的胡格諾教徒，死傷近200人。&ldo;瓦西鎮屠殺&rdo;成為持續30多年的胡格諾戰爭的直接導火線。
雙方的兵力不多，在戰爭中都依靠外國列強，天主教派依靠西班牙；加爾文派依靠英國、德意志公爵和荷蘭教友。這場戰爭大致可分為三個階段。
第一階段：1562‐1570年。這一時期共發生三次戰爭，雙方均未取得決定性勝利。1562‐1563年為第一次戰爭。1562年12月德勒一戰天主教派的將領蒙莫朗西被俘，聖安德烈元帥戰死。1563年2月，吉斯公爵在圍攻奧爾良時被暗殺。孔代也在德勒被俘，納瓦爾國王安托萬死於魯昂之圍。1563年3月，太后卡特琳發布安布瓦斯敕令，給予新教徒信仰自由和在指定地區舉行宗教儀式的自由。1567‐1568年是第二次戰爭。1567年9月，孔代和科利尼率新教軍隊劫持太后和查理九世未遂，包圍巴黎。11月10日，在巴黎北郊聖德尼一戰，雙方不分勝負。德意志新教選侯派兵馳援胡格諾派，天主教徒和宮廷屈服。1568年，雙方簽訂《隆朱莫條約》，重申安布瓦斯敕令。1568年9月，查理九世在天主教派的壓力下撤銷先前發布的宗教寬容敕令，禁止胡格諾教徒舉行任何宗教儀式，一切官吏和法官都必須宣誓效忠天主教會，新教牧師必須在兩個星期之內離開法國，雙方的第三次戰爭由此爆發。
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