1569年3月，天主教軍隊在雅爾納克大敗新教軍隊，孔代陣亡。10月，科利尼又被擊敗。1570年8月，太后卡特琳簽署聖日耳曼敕令，使新教徒獲得禮拜自由和在幾個設防安全區自派總督的權力。第一階段的戰爭以新教派的有限勝利而暫告結束。
第二階段：1572‐1585年。這一階段以著名的&ldo;聖巴托羅繆之夜&rdo;開始。1572年8月23‐24日夜間，胡格諾派的重要人物正聚集巴黎，慶祝其領袖波旁家族的亨利的婚禮。亨利&iddot;吉斯（吉斯公爵之子）以巴黎各教堂鐘聲為號，率軍隊發動突然襲擊，殺死胡格諾教徒2000多人。由於24日正值聖巴托羅繆節，因此這一血腥的夜晚在歷史上被稱為&ldo;聖巴托羅繆之夜&rdo;。
這次大屠殺之後，法國再次出現分崩離析的局面。胡格諾派首先在南部和西部組成聯邦共和國，對抗中央政權。1573年6月，查理九世簽署《拉羅竭爾和約》，准許新教徒在拉羅竭爾、尼姆和蒙托邦舉行教儀，給予這些城市信仰自由。1574年5月，新教派再度起事。朗格多克在原總督丹維爾伯爵領導下正式分裂出去。1575年，新教派發動全面起義，胡格諾教徒全部動員起來，為聖巴托羅繆之夜的屠殺報仇雪恨。1576年5月，亨利三世簽署了博利厄敕令，譴責聖巴托羅繆之夜的大屠殺，同意為死難者昭雪，除巴黎和王室住地外，一切法國城市都有權舉行新教儀式。敕令還給予胡格諾教徒擔任公職的權利，准許他們占有在政治上、軍事上居於優勢的8個城市，在城市裡建立混合司法機構，高等法院也設立特別法庭，以保證進行公正的辯論。博利厄敕令實際上承認了胡格諾教徒占領的地區為&ldo;國中之國&rdo;。博利厄敕令引起天主教派的強烈不滿。1576年，吉斯在北方組織&ldo;天主教神聖同盟&rdo;，自行徵稅、招募軍隊，要求恢復王國的宗教統一，拒絕執行敕令，兩派戰爭又起。戰爭中，胡格諾派遭受重大挫折，中部的拉夏里戴和西部的布魯日落入天主教同盟手中。1577年9月，兩派締結《貝日拉克和約》，規定解散天主教同盟，限制博利厄敕令給予新教徒的自由和權利。新教徒只能在每個區的一個城市和自己的安全區內舉行宗教儀式，他們對安全區只有6年的支配權。
第三階段：1585‐1598年。從1585年開始，法國國內開始了&ldo;三亨利之戰&rdo;。各方首領分別是國王亨利三世、吉斯公爵亨利、波旁家族的亨利。1585年，吉斯公爵亨利取得西班牙的支持，在南特重組天主教同盟，巴黎、里昂、波爾多、馬賽、第戎等城市紛紛歸附。同時，法王亨利三世又撤銷了兩次和解的敕令。胡格諾教徒只得在波旁家族的納瓦爾國王亨利的旗幟下應戰，並得到英國和德意志新教諸侯的支持。1587年10月20日，新教軍隊在庫特拉擊敗天主教同盟軍。吉斯兄弟不久也重創胡格諾派軍隊。1588年5月，天主教同盟控制下的巴黎迎接吉斯公爵入城，包圍王室住地羅浮宮，國王亨利逃出巴黎，並在魯昂簽署聯盟敕令，滿足了天主教派的一切要求。同年12月，國王的近衛軍暗殺了吉斯公爵和天主教同盟所有首領。巴黎聞訊後發生暴亂，並成立以吉斯家族為首的新政權。受到新舊教派夾攻的亨利三世同納瓦爾國王結盟。1589年8月1日，亨利三世被刺身亡，納瓦爾國王亨利成為法王亨利四世。但天主教派拒不承認，內戰戰火繼續燃燒。亨利四世連續在軍事上取得勝利，但無法攻入巴黎。鑑於法國90％以上的人口都信仰天主教，亨利四世於1593年7月25日在聖德尼大教堂改信天主教。6天之後，新舊教兩派勢力達成為期3個月的休戰協定。1594年3月22日，亨利四世凱旋進入巴黎，