全线溃退，他们被迫放弃了马伦哥，继而涌向博尔米达河，争相逃命。法军抓住战机，一鼓作品，把奥军赶过河去。直到夜幕降临，法军才停止追击。
马伦哥一战，法军反败为胜，可付出的代价是高昂的，法军伤亡约6000人。拿破仑在这个平生最大的凯旋之一的晚上，愁眉不展，他对狄舍将军的阵亡感到深切地悲痛，他含泪说道：“法国刚刚失去了一位最优秀的卫士，我失去了一位最好的朋友，谁也不理解狄舍那可贵的心地和天才的思想。如果今天能拥抱狄舍，那该有多好啊！”
6月15日上午，梅拉斯见大势已去，派出使节向拿破仑求和。尽管梅拉斯认为拿破仑条件苛刻，特别是要交出围攻了许多日子、半个月前才投降的热那亚，不免有些心痛，但也毫无办法。最后，双方在亚历山大里亚达成协议：奥军退到明乔河以东地区，河西地区包括堡垒等一切军事设施全部让与法军。双方还同意在明乔河以西地区设立一个非军事地带以隔开法奥两国兵力，双方停止敌对行动直到签订和约为止。梅拉斯的残余部队平安地撤到了曼图亚的后方。
梅拉斯的两个信使先后回到维也纳，在刚刚报告了马伦哥的全胜以后，又送回了惨败的消息，奥地利王室和维也纳人民先是欢天喜地，继而又垂头丧气，演出了一场引起莫大轰动的闹剧。
6月17日，拿破仑回到米兰。这次他受到的欢迎比第一次进入该城时更为热烈，不论他出现在何处，喝彩声不绝于耳，米兰人民欢呼拿破仑为自己的大救星，感谢他把米兰从奥地利人的枷锁下解放出来。在这里，拿破仑见到了马塞纳，对他出色的热那亚保卫战大加赞誉，并任命他接替自己任意大利方面军司令。
为了庆祝马伦哥战役的胜利，米兰组织了一场盛大的音乐会。在这次音乐会上，拿破仑被一位女歌手的艳姿迷住了，她就是格拉西尼夫人。数小时后，意大利的征服者决定要进行一次新的行动。第二天清晨，人们看见格拉西尼夫人已在拿破仑的卧室同这位征服者共进早餐了。接着，贝尔蒂埃接到命令，负责照顾格拉西尼夫人，将她护送到巴黎去。
6月24日，拿破仑从米兰出发，经蒙塞尼大路返回法国。所到之处，万众云集，欢声震天。沿途每个城镇的入口处都竖起了凯旋门，每个乡镇都派出一批绅士显贵前来拜谒，颂扬第一执政的丰功伟绩。经过里昂时，欢迎的人们达到了狂热的程度：居民们倾城出动迎候，第一执政走进人海中，欢呼声此起彼伏，惊天动地。面对这一切，拿破仑很是得意，一路上谈锋甚健。在行经勃艮第时，他对布里昂说：“再来几次这样的胜仗，我也许可以留名后世子孙了。〃〃我在不到两年内攻占了开罗、巴黎和米兰，如果我明天死去，千载之后，我也许能在通史上占半页篇幅。”
1800年7月2日凌晨2时，拿破仑一行抵达巴黎。天亮以后，第一执政凯旋归来的消息传遍京城，全体市民涌上大街，争相看一眼法兰西的救星和意大利的解放者。夜幕降临时，无论是家有万贯的富豪，还是一譬如洗的穷人，无不在宅邸内或草房里张灯结彩，以示庆贺。谁要是对第一执政稍为表示一点冷淡，都会被群众认为有保王党的嫌疑。巴黎人民一致认为马伦哥战役的胜利不仅是法兰西共和国对欧洲反法联盟的胜利，而且也是新政权对保王党人的胜利。人们对以拿破仑为首的新政权充满了美好的希望。
外交胜利与和平马伦哥战役以后，拿破仑希望欧洲能够暂时实现和平。这不仅符合法国的利益，也符合他个人的利益。经过8年的战争，法国人民已经厌恶打仗，现在获得了马伦哥大捷，这种渴望和平的情绪更加发展起来了；拿破仑刚刚执政半年，地位还很不稳固，在他远征意大利期间，国内的雅各宾派和保王党人，一刻也没有停止推翻执政府的活动。再加上连年战争使得