借鑑現在的一些政治體系，李明首先確立了黨政一體的基本原則，規定由醫神教領導一切，藉助於共產黨的發展經驗，李明牢牢的將軍政大權掌握在自己手中。不是他不相信眼前這些人，而是害怕以後自己的隊伍擴大之後，人員良莠不齊，到時候沒有政黨的約束很難控制，所以他必須要未雨綢繆。
另外，非常方便的，李明便照搬了當年共產黨的所有做法，讓所有部門的領導者都成了醫神教的頭領，實行了黨員負責制，同時，在軍隊各級中設立政治委員，用以制約領兵的大將，甚至連一個小隊中都要有一個醫神教的頭目，用以監視領導自己小隊的隊員。
然後，李明將島上的軍政大權分開，聖手王專門負責軍隊的管理和領導，李明將之稱為統帥部，聖手王被封為統帥部主席。本來李明是想要自己的老岳父來乾的，畢竟張猛在軍中的威望是無可比擬的，但是，雖然現在他和尉遲雄兩個人正在為自己訓練新兵，可自己的理想抱負和計劃都沒有對他們說過，他們到底是朝廷中領兵多年的將領，如果知道自己要造反的話不知道會是什麼反應，假如到時候他們都反對自己的做法，那他就非常難辦了。因此，李明就將這個重擔交給了聖手王，而只是任命張猛和尉遲雄為統帥部的總教練，專門負責部隊的訓練工作，這樣也是物盡其用了，不過，真要是到了戰爭的時候，他們是領兵作戰的絕對首選，到了那個時候，恐怕也只有連蒙帶騙了。
軍隊的編制還是按照這個朝代傳統的方式來進行，畢竟這是一個冷兵器的時代，自己那個時代的三三制並不適合這裡。大規模軍團作戰的話，還是需要一個好的、嚴密的陣型。不過，李明還是借鑑了現代軍隊中的軍銜制，雖然這個朝代也有類似軍銜的東西，那就是將階，但是，他們的將階分得非常複雜，一共有四十五級之多，所以，李明廢棄了傳統的將階，而用現代的軍銜取而代之。他將軍銜分為九級，分別是尉、校、將和元帥，並且將現代軍事管理中軍銜和職務的關係引申到隊伍中去。
至於行政方面，當然要交給高韋了，他可絕對是不二的人選，這種最讓李明頭痛的工作到了高韋手中簡直是輕而易舉的事情，所以，李明當然放心了。行政方面還是稱為總理署，高韋出任總理大臣。下屬農業部、治安部、財政部、和雜務部，具體的部長人選就全部交給高韋了，對於他李明是絕對信任的。
工業方面，李明單獨交給了陳浩，雖然以前是一個馬車夫，但是自從進入碧泉島之後他就一直擔任領導工作，是一個非常能幹的多面手，目前來說還沒有人能夠取代他，所以，李明當然就交給他了。好在現在碧泉島的產品都是壟斷性的，倒不害怕有什麼市場競爭之類的，目前主要做的就是抓好生產、做好保密工作，以防止商業秘密的泄漏。
除了這三個主要的部門，李明還特意設立了安全局，由一直負責侍衛工作的馬林來負責，主要負責反貪、監察、情報、暗殺等活動，獨立於其他部門之外，直接向李明負責，甚至有直接調查聖手王、高韋和陳浩的權利，權利非常大。由於涉及面很廣，工作量也非常多，所以人員方面就主要是馬林的那些剩下的侍衛了，雖然一部分被高韋要走了，不過剩下的也不少，雖然一時之間還不能適應，但總歸是聊勝於無。而日後人員的配備問題，就只有慢慢的來了。
財政總局由小翠負責，負責所有部門財物的監管和調配，這個小丫頭總算是非常努力，目前已經是李明的左膀右臂了。
林瓏和張瑤成了碧泉島的行政總監，負責監管所有官員，平時李明不在的時候負責接替李明的職位。
司徒言，這位臨濱城的名醫，被李明任命為教育局的局長，獨立於其他部門之外，直接歸行政總監管理。從現代社會過來的李明當然知道教育的重要性，這一代人的思想觀念基本上就