书年代、内容异同、版本优劣进行考证，将考证成果以另纸粘于该书每卷之末。同时，还仿汉朝刘向、刘歆校书之旧例，为每书撰写提要一篇，于其中叙作者之时代、爵里、本人事迹以及内容得失，并根据该书之价值，预拟出应刻、应抄、应存目三种意见，一并交总纂官审定修改；此后再由总裁官奏闻，候旨决定。经皇帝同意后，其中价值寻常，或内容有与儒家经典相悖谬者仅入《四库全书总目》；其他应刊、应抄的两种书籍皆交缮书处，组织人员按既定规格进行抄录，录入《四库全书》。其中价值较高、世间罕传者，除缮写外，还由武英殿修书处以《武英殿聚珍版丛书》为名刊印行世，以广流传。
四库全书馆开馆之初，根据皇帝旨意，所编书籍不过是《四库全书》和《四库全书总目》二种，然而，随着修书计划愈益庞大，增纂书籍越来越多。于是决定增纂《四库全书荟要》，于《四库全书》中“撷其精华，缮为《荟要》”，两书互相补充，并行于世。该书于乾隆四十三年首先告成，共抄两部。乾隆三十九年，皇帝又决定编修《四库全书简明目录》：“篇目不繁而检查较易，俾学者由书目而寻提要，由提要而得全书，嘉与海内之士，考镜源流。”于乾隆四十七年成书，为学者了解十八世纪以前各种主要著述的大致情况提供了方便。
乾隆四十一年九月，皇帝又特命将“所有诸书校订各签，并著该总裁等另为编次，与《总目提要》一体付聚珍版排列流传”，该书遂以《四库全书考证》为名行世。全书一百卷，对于学者校订各种古籍，有着一定的参考价值。
始修《四库全书》时，谕令将《四库全书》抄录四套，分别庋藏于紫禁城、圆明园、热河避暑山庄和盛京故宫四处。随着《四库全书》纂修活动的全面开展，为满足社会需要，乾隆四十二年八月，皇帝决定另缮一套副本贮于翰林院，“既可备耽书之人入署就阅，而传布词林，亦为玉堂增一佳话”。乾隆四十七年七月，在北四阁四套《四库全书》陆续告竣之时，皇帝以江浙为“人文渊薮”之地，为了方便当地士子“就近观摩誊录”，又命再行缮写三套《四库全书》，分贮于扬州、镇江和杭州三地。因而扩大了《四库全书》的影响面，使其成为西汉以来政府组织的历次文化活动中最有意义的一次文化活动。（35）
值得注意的是，《四库全书》对涉及西学的书籍收录颇丰，选取原则主要取决于其实用性，并增广博异闻之效。《四库全书总目》卷首凡例中写道：“外国之作，前史罕载，然既归王化，即属外臣，不必分疆绝界。”（36）其中包括有艾儒略《职方外纪》，南怀仁《坤舆图说》，徐日升与德理格合著的《律吕正义续编》，徐光启《农政全书》，熊三拔《泰西水法》，《表度说》，《简平仪说》，利玛窦《乾坤体义》，阳玛诺《天问略》，利玛窦口译徐光启笔录《测量异同》、《测量法义》、《勾股义》、《几何原本》，龙华民，汤若望等多人编撰《新法算书》，戴进贤、刘松龄等多人著成的《御定仪象考成》，戴进贤、徐懋德及明安图等人所著《御定历象考成后编》，利玛窦口授李之藻撰《圜容较义》、《同文算指》，李之藻撰《浑盖通宪图说》，穆尼阁、薛凤《天步真原》、《天学会通》，邓玉函《奇器图说》，王征《诸器图说》等二十三种。
除了《四库全书》外，在《四库全书存目》里也收录�