提出，清朝政府收藏的《永乐大典》是明以前各种著述之渊薮，其中多存“世不恒觏”之书。应由政府组织人员，“择其中古书完者若干部，分别缮写，各自为书”。第三，建议政府充分吸收汉、隋、唐、宋以来历次整理文献的经验，不仅征求遗书，而且对其进行校勘，同时还应组织人员对所收书籍“或依《七略》，或准四部”，分门别类地“校其得失，撮举大旨，叙于本书卷首”。为此政府应建立专门机构，完成这项工作。第四，在征求民间遗书时，应将采访范围进一步扩大，凡是具有文献价值的钟铭碑刻、金石图谱，都当在搜求范围之内。这些建议的总精神是要求政府对全部现存文献进行一次继汉、隋、唐、宋之后的总清理。
受朱筠建议启发，皇帝改变了单纯求书的初衷，决定编纂一部囊括古往今来一切主要著述的巨型丛书——《四库全书》。根据他的指示，乾隆三十八年二月，“四库全书馆”于翰林院正式成立，一个由政府组织的规模空前的编纂《四库全书》的活动便由此开始了。
根据皇帝的指示成立起来的“四库全书馆”机构庞大，大小负责官员多达三百六十人。其中的总裁官、副总裁官为总揽全馆事务的主要官员。因统筹全局，责任重大，故特设正总裁官十六员、副总裁官十员，皆分别从大学士、六部尚书、侍郎中简选。皇帝还特派自己的三个儿子皇六子永珞、皇八子永璇，皇十一子永理也充任总裁官。总裁、副总裁之下，设总阅官十五人，总管阅定各书之事；总纂官三人，总理编书之事；总校官一人，总理校订之事；缮书处总校官四人，专掌抄书及总理校对脱误之事。上述每一机构之下，又设有具体办事官员多人，分管校勘、编纂、刊刻、装订、整理之事。此外，在全书纂修过程中，还以各种方式招收抄写誊录的书手、绘画的手工工人和刻字印刷的工匠四千余人。
四库全书馆各职中，总纂官、总校官及其下属各机构是《四库全书》编纂过程中的关键环节，皇帝特别注意选拔知名的学者和在各方面有专深造诣的人充任上述各职。除由皇帝亲自任命当时著名学者纪昀、陆锡熊为总纂官，陆费墀为总校官之外，还分别以大臣荐举、政府征辟等方式将一大批学识渊博而又年富力强的著名学者安排到纂修官和分校官等各个重要岗位上。如著名经学家戴震、校勘学家周永年、史学家邵晋涵即分别被任命为校勘《永乐大典》纂修官兼分校官；著名经学家姚鼐、翁方纲、朱筠则分别被任命为校办各省送到遗书纂修官。与此同时，其他一些著名学者程晋芳、任大椿、金榜、王念孙等人也都各据所长，在“四库全书馆”安排了相应的职务，并都成为《四库全书》纂修中的骨干力量。由于他们的辛勤劳动，使得《四库全书》在各方面都达到了较高的学术水平。
《四库全书》纂修中的书籍来源极为广泛，大致可分为政府固有藏书和各省所进遗书两大项。政府固有藏书包括自清初以来臣下遵照皇帝敕旨编修的敕撰本、内廷各藏书机构原藏的内府本和《永乐大典》中所辑的各种佚书；各省所进遗书包括各省督抚在此次求书中或从市场购买，或向藏书家借钞，送馆备用的各省采进本，各地藏书家因皇帝求书上谕曾经提及而不得不将家藏秘书献出的私人进献本，以及采自当时社会上流行的通行本。
面对这些来源不同、版本不同而又为数浩繁的书籍，《四库全书》显然不能不予区别地悉加收录。为此，乾隆三十八年五月规定：“所有进到各遗书，并交总裁等同《永乐大典》内现有各种详加校勘，分别刊、抄，择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之枣梨，以广流传；馀则选派誊录，汇缮成编，陈之册府；其中有俚浅伪谬者，止存书名，汇为《总目》，以彰右文之盛。”
根据这些原则，在遗书到馆之日，便对每一种书籍之不同版本进行校勘，并就其作者、成