源，并将此作为最高范畴，因此人们称该体系为“理学”。“理学”之集大成者是南宋朱熹。朱熹的思想体系被称为“朱子学”，逐渐成为了儒学的主流。
或许是受佛教的影响和刺激，朱子学的说教方式充满了浓厚的道教色彩。其中提到，世界充满了气，动态之气为“阳”，静态之气为“阴”。
理将气看作是异次元之物，气为形而下，理为形而上，于是发展为二元化的存在论。
人间之理为道德，自然界之理为自然法则。朱子学对这两者未加以区分。同样为理，应究其根本。
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第五章 思变之道101101朱子学提出“格物致知”。不仅要探索内在之理，还要探索外在之理。世间万物，应穷其根本，这属于彻底的主知主义。
朱子学的另一特征——绝对重视名教。它主张秩序是永远的真理，应该抛除私欲，不允许对封建秩序进行批判，这极大地迎合了封建统治阶级的需要。此后，科举以朱子学为基础，学问研究统一为清一色的朱子学。
“理”之上为绝对，因此理的秩序（三纲、五伦、五常等）被称为超越批判的理论。
对于“君子”和“仁”，《论语》是较为随意地对个别、具体情况展开的论述。仔细考察便会发现，其中有前后矛盾之处，因此不能成为体系基础，但同时也显示了儒学的豁达与开朗。相对于此，朱子学对儒学进行了严格的总结概括，使其系统化，同时也导致儒学被束缚住了。
朱子学具有思辨主义、主知主义、道德主义、严格主义的特征，与具有战斗性的佛教和老庄思想相比，具有护教性。
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孔子教之道
虽然朱子学符合了为政者的需要，但是被接受的过程也不是一帆风顺的。朱熹身为南宋官僚，难免不被卷进政治旋涡。当时南宋朝廷中，宰相赵汝愚和韩侂胄（1152—1207）分为两大派系。朱熹属赵汝愚派，他研究的学问被视为“伪学”而遭禁，其门生也遭到*。这就是有名的“庆元伪学之禁”。庆元为当时的年号。“伪学之禁”的解除在朱熹死后两年，是韩侂胄为赢得民心而采取的政策。朱子学逐渐被完全解禁，并传播开来。由此可见，朱子学并非一开始便是迎合为政者需要的。
朱熹对儒学作出的经典阐述，在元延祐二年（1315）被列为科举考试？
102儒教三千年的指定科目。虽在蒙古族统治的元朝时期科举制度被一度废止，在此后重新登上了历史舞台。到了明代，朱熹的《四书集注》也为科举所用，朱子学的官学色彩逐渐浓厚。将学问作为立身出世的道具——这是朱熹最不齿的，但很具有讽刺性的是，他的学问却为科举所用。
明代王守仁（1472—1529）提出了理即为忍耐心的主观唯心主义体系。他号阳明，因此他的研究体系也被称为“阳明学”。朱子学为思辨式渐进思索，提高知识积累，主张“格物”，即洞悉世间万物。理学除自身外还包括外界事物。而阳明学强调“心即理”，良知存在于人的内心，应当释放出来。阳明学提倡“行知合一”，重视行动。
用佛教语言来形容，朱子学为“渐悟”式，阳明学为“顿悟”式。
阳明学与朱子学一样，都将“理”视为最高，皆为“理学”，但其实质与训诂学完全不同。朱子学在官学化后，便丧失了其精华，因此有人认为阳明学为儒学注入了新的活力。总之，作为与官学相异的阳明学，其性质是反体制的。
日本江户时代，朱子学被作为官学，阳明学者佐藤一斋（1772—1859）曾在昌平黉讲授朱子学。熊泽蕃山、大盐中斋（1793—1837）、佐久间象山（1811—1864）、吉田松阴（1830—1859