迫，李秀成只能是采纳了智囊李书香的折中建议，决定暂时满足洪大教主的旨意要求，一边发动百姓抢筑城墙和准备撤退，一边也不再往北城增派兵力，让李容发、吉庆元和方海宗等军就地坚守街垒，巷战耗敌。然后走一步看一步，随机应变，见机行事换句话说，也就是打到那里算那里。
天色终于微明了，公历九月二十五日、农历闰八月初三的清晨七点刚过，在吴超越的亲自指挥下，也在吴军重将曹炎忠的亲自率领下，六千装备精良的吴军将士兵分两路，分别从已经重新疏通的神策门和旁边的城墙缺口处，向着太平军在南京城中的街垒阵地发起了进攻，正式拉开了南京巷战的序幕。
与此同时，吴军已经停止了在龙脖子战场上的佯攻，所有军队全部用于监视除神策门外的南京十二道城门，在城门出口处抢建阻击工事，挖掘壕沟埋设地雷，布置火炮封锁道路，时刻防范太平军弃城突围。吴军水师的舢板船队也几乎全部驶入秦淮河，在河面上来往巡逻不绝，随时准备帮助拦截太平军的出城之兵。同时为了预防万一，吴军还做好了随时炸毁南京城各道护城河桥梁的准备。
七点二十一分，大战正式打响，兵分两路入城的吴军将士继续分头行动，一路由曹炎忠部将刘堪率领，沿柳巷向太平军李容发的阵地发起进攻，目的是拿下台城，直接威胁洪秀全的天王府；一路由曹炎忠亲自率领，走红庙街东进，向太平军吉庆元部的阵地发起进攻，目的是击溃吉庆元军，接应下关三门外的吴军钱威部入城。
杨秀清其实真不是完全在蒙洪秀全，吴军在城里的巷战确实打得十分艰苦，每前进一步都有可能被街道两旁民房院落中的冷枪暗算，只能是小心翼翼的一边清剿街道两旁的潜伏敌人，一边缓缓向前方推进；也每每受阻于太平军连夜抢修街垒工事，被迫使用移动缓慢的重炮轰击开路，推进速度十分缓慢，伤亡明显要比在城外野战时为多，弹药消耗更是巨大。
推进最吃力的是刘堪这一路，因为太平军正在组织城内全力抢修从台城到清凉山的新城墙，太平军在柳巷这条路上可谓是集中了重兵保护，李容发和方海宗两军共守柳巷，马台街上的袁得厚部也派遣小股军队游击骚扰刘堪的侧翼，再加上城墙上太平军也不断开枪射击，刘堪所部很快就陷入了三面受敌的窘境，逼得吴超越不得不派军沿着城墙西进，在狭窄的城墙顶端艰难推进，帮助刘堪分担压力。然而即便如此，刘堪所部却还是每前进一步都必须得付出血的代价，推进速度慢得惊人，打到中午才拿下不到三分之一的柳巷街道，士卒的死伤却突破了两百人。
曹炎忠这边的情况要好一些，但也好得不多，昨夜没有参加神策门混战的太平军吉庆元部全是生力军，军队编制完整，体力弹药充足，也有三牌楼街上的陈得才军帮忙袭扰曹炎忠的侧翼，同样是凭借巷战工事有力挡住了曹炎忠的脚步，让曹炎忠的推进同样困难无比，伤亡也相当不小。
还好，曹炎忠在打巷战方面还算颇有心得，每遇阻拦从不着急，更不会乱拿人命去填，只是以时间换空间，动用重炮上前轰击太平军的街垒工事，直接以苦味酸炮弹轰开道路，缓慢而又不可动摇一步步向红庙街西面推进，并成功的在正午刚过时打到了金川门边上，发出信号让城外的吴军发起攻城。
在这个时候，太平军大将吉庆元犯下了一个指挥错误，为了守住金川门不让城外吴军进城增援，吉庆元冒险催军上前，妄图击退曹炎忠保住金川门。结果很自然的，曹炎忠军突然密集轰出的掷弹筒炮弹马上就把吉庆元的军队炸了一个七零八落，鬼哭狼嚎，击针枪的密集火力又把集群冲锋的太平军成排成排打倒，让吉庆元的反击不但没能收到任何的效果，还重创了太平军的反击之军。
轰溃了太平军的反冲锋后，吴军的掷弹筒队又掉转炮口，对着