就任外交部长官仅五分钟，美国驻韩大使馆就打电话祝贺
对于卢武铉总统任命潘基文为外交部长官，美国人的评价非常之高。1月16日晚上七点左右，任命情况对外公布，仅仅过了五分钟，时任美国驻韩国大使的托马斯·哈伯德就打来电话，表示祝贺。
总统卢武铉和外交部长官潘基文（3）
1993—1994年，第一次朝核危机期间，潘基文曾经担任驻美公使，当时托马斯·哈伯德担任美国国务部东亚太平洋副次官助理，两人已经有过接触。
因此，当韩美关系出现裂缝，北核危机深化的时候，潘基文—哈伯德组合被人们誉为最佳拍档。
当天夜里十一点左右，潘基文又在家中接到了美国国务卿科林·鲍威尔祝贺就任长官的电话。科林·鲍威尔是美国的国务卿，而潘基文刚刚就任，尚未开展工作，他就在深夜打电话到家里表示祝贺，这也是非常罕见的事情。
科林·鲍威尔在这通深夜电话里说，“包括我在内的很多人都了解你。许多美国人都为你就任外交部长官而高兴”，“为了今后继续加强韩美关系而努力”，同时又友好地表示，“你正式就任之后，希望我们能早日会晤”。
英国路透社报道说：“考虑到弥补青瓦台和外交部之间的裂缝，并在韩美同盟关系之上构筑韩国的外交，潘基文是最合适的人选。”
但是，保守阵营认为潘基文在任外交部长官期间，没能发出他们自己的声音，所以强烈表示不满。他们认为，潘基文应该维护韩美关系不再出现裂缝，并在同盟关系的基础上解决朝鲜问题。
2005年4月，保守阵营的这种不满在国会统一外交通商委员会浮出水面。在野党大国家党的议员们针对近期主要外交悬案向外交通商部发难，指责其没能发挥职责，沦落为“外交秘书局”。现任京畿道知事的金文洙议员说：“外交官们担心自己被划分为亲美派或亲日派，所以只知道给卢武铉总统唱赞歌”，“潘基文长官这样做虽然不是明哲保身，但是现在的外交已经危机重重了。”
他还说，“在外交方面，无论是卢武铉总统，还是国家安全保障委员会（NSC）常任委员长郑东泳，他们也都是业余水平，外交专家们这样做事，真不知道他们在想些什么。”同属该党的朴启东议员批评说：“在卢武铉政府，外交部只能做外交秘书局的工作。谁也不知道外交部长官干什么去了，只剩下非专家在那里左支右绌”，“自从尹永宽长官被NSC的自主外交论者驱逐下台之后，外交官们都害怕遭到解职，也只能匍匐前进了。”
洪准杓议员指责说：“每当外交部力不能及的时候，潘基文长官总是说非常感谢总统的指教。外交部长官应该是总统的外交老师，他怎么能说这样的话呢？”通过回答，潘基文明确了自己的“外交部长官论”。即，“外交部长官只是总统的外交参谋，不可能成为总统的外交老师。”潘基文还说，“外交方面的最高负责人是总统，我只负责执行总统的外交哲学和方针。”
另外，潘基文还说：“总统的哲学和见识引导着当代外交的潮流，这是国际社会的惯例。”每当卢武铉总统的自主外交构想引起争论的时候，这段发言就会成为砧上鱼肉。
然而出乎人们的想象的是，潘基文并不追随卢武铉总统的自主外交路线，只是认识到总统的固执难以违拗罢了。
有位曾经是潘基文亲信的外交官这样评价说：“保守阵营对于潘基文不能发挥自己的作用深怀不满，大加批评，潘秘书长当然知道。但是，如果真的那样做了，潘秘书长就只能放弃外交部长官的位置了。究竟是毫无建树，刚刚抬高自己的声音就短命地结束长官生涯好呢，还是在政府里忍辱负重，尽最大可能发挥自己的作用好呢，人们对这两者的评价当