神农上前与伏羲见礼后，笑道：“劳皇兄前来接引！”说完后，与伏羲一同上了龙车之后，飞去火云洞。
神农传位，轩辕接任人族共主之位后。，轩辕便成为天下共主，因轩辕有土德故号黄帝。
人族历经大战多年，虽然已经休养生息一段时间，可实力并没有恢复，尤其是人数的减少，使得各个部落交流也减少了许多，大家都在埋头发展。如此，也使得各个部落不再像以前那般融洽。
轩辕见此，为了人族发展，便大力整合人族，使各部落向陈都收拢。最终让神农部落联盟与有熊部落联盟合二为一，称炎黄部落，为人族正统。黄帝在人族中推广自己在有熊部落所发现的新的耕种之法，与民休养生息。
此时，神农之子榆罔不服轩辕。他少年跟随神农征战，后也是跟随轩辕在军中征战，可谓是人族最利害的勇士。他自问丝毫不必神农差，可继承共主之位的却不是自己这个神农之子，而是轩辕这个外人。
在轩辕整合了炎黄部落后，榆罔更加不忿，在一些人的怂恿下，当即出走，并以神农之子的身份号召天下，共伐轩辕。
其时，有十二部落响应，后被轩辕一一降服，分列十二方，守护人族。在传说之中，这十二个部落就是十二生肖。
自轩辕统一十二部落，天下再无对手，自此黄帝在真正得到了洪荒人族所有部落的认可，成为正真的天下共主。而轩辕为了加强人族统治，并没有因此马放南山，而是继续派大军征伐，把所有人族部落都一一统一，然后建立诸侯制度，划分州野，制礼兴乐，教化百姓，使一诸侯管理几个部落，然后让轩辕负责。同时还发明各种器具用物，方便日用。
其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子。百姓们从此不再穿兽皮树皮。黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。
黄雍父发明了春，黄帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥。以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。
黄帝又与歧伯作内外经，使百姓疾患得以治愈。他还确定了天下万物的名称，划分星度为28宿。
以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。黄帝有四妃十嫔。正妃为西陵氏。名嫘祖，她亲自栽桑养蚕，教民纺织，人称她为「先蚕」。
嫘祖组织一大批女子上山育桑养蚕织丝。但很快又遇到了一个大难题，蚕养了很多，茧也产了不少，但抽丝和织帛却有了困难。就在这时，群女中有一个身材矮小、皮肤黝黑、面部丑陋的女子发明了缠丝的纺轮和织丝的织机。
黄帝得知后，对此项发明大加赞赏，让她给众人传授技艺。后来在嫘祖的撮合下，黄帝娶了这位丑女，作为次妃，这位次妃被尊称为嫫母。这一切改变使得百姓甘其食，美其服，乐其俗，安其居，一派太平景象。
一天黄帝正在洛水上，与大臣们观赏风景；忽然见到一只大鸟衔着卞图，放到他面前，黄帝连忙拜受下来。再看那鸟，形状似鹤，鸡头，燕嘴，龟颈。龙形，骈翼，鱼尾，五色俱备。图中之字是慎德，仁义，仁智六个字。
黄帝从来不曾见过这鸟，便去问天老。天老告诉他说，这种鸟雄的叫凤，雌的叫凰。早晨叫是登晨，白天叫是上祥，傍晚鸣叫是归昌。夜里鸣叫是保长。
凤凰一出，表明天下安宁。是大祥的征兆。后来，黄帝又梦见有两条龙持一幅白图从黄河中出来，献给他。黄帝不解，又来询问天老。
天老回答道：“陛下试往河边视之，天其授帝图乎？”黄帝便与天老等游于河洛之间，沉璧于河中，杀三牲斋戒。最初是一连三日大雾。之后；又是七日七夜大雨。然后，一条大鱼溯流