这开阔浩瀚的阿布基尔水域没有充分的防卫设施。8月1日下午，纳尔逊舰队的14艘战舰，载着1000多门火炮，顺风驶至阿布基尔。法国舰队指挥立即发出紧急集合信号，可这时几乎有一半人员还在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊判断在法国舰队的停泊线和浅滩之间，必有足够的地方可容英国舰只插进去，于是，他作了一个极为大胆、近乎冒险的决定：把舰队一分为二，5艘军舰插入法国舰队和浅滩之间，其余舰只则在朝海的一面，沿着法国军舰停泊线活动，从两方夹攻法舰。法国舰队在面临陆地的这一面没有配置炮手，因为他们作梦也不会想到这一面也会受到攻击。法国舰队左右两边受到英舰近距离的炮火轰击，只有招架之功，无还手之力。黄昏时，法旗舰〃东方〃号爆炸，舰队司令布律埃斯阵亡。次日拂晓，除了两艘主力舰和两艘巡洋舰得以逃脱外，其余舰只均已丧失行动能力。
拿破仑素以精力旺盛，镇定自若而著称，可他得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。
当他的秘书规劝他耐心等待督政府的帮助时，他怒气冲冲地嚷道：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
拿破仑相当地激动了一阵。可不久，笼罩着他的这种阴暗情绪就消除了，他又恢复了坚定自制和镇静。他意识到他现在最迫切的任务是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变东方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。〃〃埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！〃〃我们将不得不创立一个大帝国。……海洋把我们和祖国分开了，可是随便哪个海洋都不能把我们和非洲分开，也不能把我们和亚洲分开。我们的人数很多，我们不会缺少补充我们队伍的人力，我们也不会缺少弹药。〃拿破仑的一番话使士气低落的军队重又充满信心和希望。
舰队的丧失使拿破仑确信，必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。8月21日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。由于舰队的覆灭，专家学者们失去了绝大部分的财物和许多机械设备，很多事情不得不从头做起。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。
为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟。穆罕默德。艾里。科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救