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其次乃葡萄牙和荷兰之间的矛盾，葡萄牙衰弱的速度非常快，自然引起海上马车夫的觊觎，为了得到马六甲和果阿，荷兰东印度公司一度派遣舰队封锁马六甲和果阿，双方对决层出不穷，冲突呈扩大之势。
此外，就是西班牙与荷兰之间的矛盾。荷兰在南洋的气势颇有点咄咄逼人，自然不会放过吕宋岛。双方一度兵戎相见，荷兰曾经派出十多艘战舰封锁马尼拉，西班牙仅仅派两艘战舰迎战，结果让人大吃一惊，西班牙战胜了荷兰！由此可见，西班牙舰队的实力颇强！
至于英吉利人，至今还处于敲边鼓的阶段，只是偶尔派一支舰队来南洋晃一晃。
科奎拉还在巴拿马总督任上时，就对南洋的形势有所耳闻。抵达马尼拉后，又下了一番苦功夫了解形势，有信心为国王陛下守住这块海外殖民地。
按照《托尔德西里雅斯协议》，西班牙不可能穿越马六甲海峡返回欧洲，只好建立了马尼拉——阿卡普尔科（欧洲）航线，从墨西哥运来大量的白银，换回中国的生丝、丝织品、棉布等大宗商品。然而，目前西班牙处于战略收缩阶段，国王陛下实行限制贸易政策，导致此条航线的价值有所下降。
更关键的是，墨西哥的白银产量大幅度下降，致使马尼拉的商船数量rì渐减少。
科奎拉当然对这些情况了如指掌，他认为，只要投入jīng力剿灭棉兰老岛及苏禄群岛上的摩洛海盗，就可以保证吕宋岛的安全。总督一职，可谓轻松惬意。
不过，上天和他开了一个玩笑。
上任不到一月，他就听闻，大明帝国广东总兵林纯鸿咄咄逼人地宣布：“南洋乃大明之南洋，绝不允许大明以外的任何人染指。”
科奎拉当时还有点幸灾乐祸，毕竟，当今南洋的第一势力乃荷兰，他巴不得荷兰与大明打得难解难分，然后西班牙渔翁得利。然而，他得意还不到一天，林纯鸿又宣布，两年内将攻击吕宋岛！
“噢，我的上帝，难道大明人都是这么狂妄自大吗？”
听到林纯鸿的狂妄之言后，科奎拉对林纯鸿的第一观感就是“狂妄无知”。科奎拉对林纯鸿舰队的实力非常了解，知道其麾下两层甲板战舰有七艘，其中福甲号十八磅加农炮四十门。如此的舰队规模和实力，科奎拉直接下了判语：不堪一击！
不过，更让科奎拉嘀笑皆非的是，福建的另一个副总兵郑芝龙也宣布，要进攻吕宋岛。
“哎，我的上帝，原谅这帮野蛮人的狂妄无知吧！”
科奎拉划着十字，用怜悯的语气念叨着，“我的上帝，他们的船能开到马尼拉么？”
于是，科奎拉对大明的动态不管不顾，将目光投向了盘踞在菲律宾南部的摩洛海盗，派出八百人的部队进攻巴西兰岛，大获全胜，受到了英雄般的凯旋仪式欢迎。
同时，他为了降低军费，还招募了三个团的当地士兵，为总督府服务。
做完了这两件事的科奎拉志得意满，满以为可以安稳坐等下次升职。哪想到，林纯鸿存心不让他舒心，造出了三层甲板大战舰，火炮总数达到九十六门，还在安南红河口大展神威，一个时辰内摧毁了巴喇炮台！
科奎拉坐不住了！
他立即派人了解林纯鸿的造船、铸炮实力。一个月后，从广州传回的消息差点让他崩溃，长洲造船工坊的船坞上，同时开建的三层甲板战舰有三艘！
而且，科奎拉的探子还了解到，自琼州府运至广州的铁矿石源源不断，按照运送的铁矿石量来估计，月产二十门重型火炮应该不是问题！
四艘三层甲板