朱棣即位前，首先做的就是胁迫翰林院侍讲方孝孺起草诏书。
方孝孺却说：〃死即死耳，诏不可书。〃朱棣厉声喝问：〃你难道不怕我灭你九族？〃方孝孺说：〃便诛十族奈何！〃言罢拾笔疾书几字，朱棣一看竟是〃燕贼篡位〃四字，顿现残暴本性。
也忘记了谋士姚广孝曾在北平时对他讲过的话，方孝孺乃是天下“读书人的种子”，绝不可杀。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。依然胁迫他：写不写诏书？方孝孺至死不从，恼羞成怒的朱棣下令把方孝孺之外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙、本族以及学生的家族，总计十族搜捕入狱，每捕一人便带给方孝孺看，最后捕到873人，全部当着方孝孺的面杀死。方孝孺亦被凌迟处死，时年四十六岁。
十族中被谪戍边的尚不知有多少。孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
兵部尚书铁铉，被带进皇宫时背对朱棣面向青天，朱棣令其回头，铁铉不睬，被割掉耳鼻，又割其肉，将肉烧过以后塞入铁铉口，朱棣连问〃甘否？〃铁铉答：〃忠臣孝子之肉有何不甘？〃最后被磔而死。
户部侍郎卓敬，曾给建文帝上过密疏，说燕王占据北平，不能轻视，应封于南昌，易于控制。捕后朱棣问卓敬为何离间朱氏骨肉情谊，卓敬答说：〃若先帝听我劝告，你还有今天吗？〃朱棣怒，斩其首，灭其三族。
礼部尚书陈迪，城陷时在外督运军粮，返回京师被捕，朱棣即位之日他大骂朱棣篡位窃国，结果，其子凤山、丹山等6人被捉来处以磔刑，刽子手将凤山的鼻舌割下强塞给陈迪吃，陈迪唾向凶手，骂得更厉害，终被凌迟处死，宗亲780人被谪戍边。
刑部尚书暴昭不屈，朱棣先去其齿，次断手足，暴昭骂声犹不绝，至断颈乃死。左佥都御史景清，因被文帝任为北平参议，调查过燕王动静，谋刺朱棣未果，被抉其齿，然而他且抉且骂，含血喷了朱棣一身，朱棣令剥其皮，碎磔其骨肉于长安门外。右副都御使练子宁，逮后对朱棣语不逊，被朱棣断其舌，磔死。宗族弃市者151人，九族之亲被抄灭戍远方者又数百人。
右副都御使茅大方，曾写诗给朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗争到底的决心，朱棣即位后捕茅大方至南京，连同茅子顺童、道秦、文生同时处死。
大理寺卿相胡闰，穿着孝衣哭着去见朱棣，以示对文帝的怀念。朱棣令换衣，死活不肯，朱棣令力士以铁瓜打落其齿，又将他缢杀，还用灰蠡水浸泡其尸，剥下皮，挂在武动坊。
监察御使高翔，着孝服见朱棣，朱棣怒杀之，籍灭其家产，同族处死，亲戚戍边，对租赁高翔家田产的人，还格外加税，让租佃户世代痛骂高翔。
朱棣姐夫殷梅为淮安总兵，朱棣率军南下，以进香为名要通过殷梅防地，殷梅回绝说：〃进香，皇考有禁，不遵者为不孝。〃朱棣怒，回信说：〃今兴兵诛君侧恶，天命有归，非人所能阻。〃殷梅将使者耳鼻割掉放还，捎话说：〃留下尔口为燕王讲君臣大义。〃朱棣绕道打下南京，强迫其姐宁国公主写血书召殷梅还京，后碍于皇亲，不便亲自下手，乃托人行刺。
1405年10月一天早晨，梅殷入朝，前军都督佥事潭深、锦衣卫指挥赵曦，把殷梅挤至笪桥下淹死，随后报告说殷梅投水自杀。宁国公主找朱棣要人，朱棣假意要捉凶手，并让其二子做官以示安抚。后知内情的都督同知许成揭发谭深、赵曦之罪，朱棣不得已而治谭、赵之罪。这俩人说：〃此上命也，奈何杀臣？〃朱棣为灭口，令力士以金？打掉两人牙齿，并斩首示众，然后断二人手足，剖其肠祭殷梅。