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而在林凤南渡之后，台湾的局势也发生了变化，海禁的解除，令它与内地的经济往来日益增多，但是当年林凤的出走，带走了台湾本岛几乎所有的武装力量和汉族青壮年人口，此后的各路商旅们，也多把此地作为中转站，虽然也有越来越多的大陆人移居此地，但多为良民百姓，当年的武装团伙少之又少。明朝最东部的沿海驻军，毗邻台湾本岛最近的也才到澎湖列岛。
从万历末期开始，北方边患日重，崛起辽东的后金政权，才是明王朝眼中的心腹大患，中国东南地区的精锐部队，越来越多的抽兵北上，沿海的防务日益空虚，台湾，又一次成为了一个钻空子的地方。
西班牙人钻这个空子，是在明朝天启六年，公元1626年，这次侵略的原因有两个，一是同为殖民者又是老对手的荷兰人，此时已经占有了台湾南部，再不下手，黄花菜都凉了；二则是此时西班牙人的北美殖民地墨西哥，发生了著名的“银矿危机”，即原本盛产白银的墨西哥地区，其本土的白银开采已经接近枯竭，这是关系着西方商业国家生存的大事。
因此，原本就贸易地位重要的台湾岛，此时的地位也变得更加重要：它关联着和日本的贸易航线，而此时的日本，正是世界上新兴的产银国，从16世纪下半叶开始，随着日本本土大批银矿的被发现，日本的银矿产量激增，虽然其本国物产贫瘠，贫困依旧，但到17世纪上半叶，日本在中国史料里，有了“群银国”的称号，可以说“穷得只剩下钱了”。
“穷得只剩下钱”的日本，成了当时白银贫乏的欧洲国家的救命稻草，包括这时期中国海商们的主要活动区域，也大多转向了日本。连接日本对外航路的台湾，也就成了“近水楼台先得月”的黄金宝地。而这时期防务空虚的台湾，也就再次给了西班牙人机会：明朝天启六年，公元1626年，西班牙人进攻台湾，先在基隆登陆，建立据点，三年后又占领沪尾地区，正式吞并了台湾北部地区。
忙于辽东战事的明王朝，此时已经顾不上台湾的变故了，钻了空子的西班牙人，胆也就大了，先是大胆的给台湾各地改名字，比如他们登陆的鸡笼山，就被他们命名为圣地亚哥。基隆湾里的和平岛，有他们修的第一座城楼，被他们叫做萨尔瓦多城，在淡水又修了座圣多明哥城，接着就大胆地搞“奴化教育”，在基隆、淡水两地修起教堂，强迫当地高山族百姓信奉天主教。
看明王朝没管他们，干脆就大胆地修衙门建政府了，他们在台湾北部征收赋税，强行征收可以在欧洲卖高价的台湾鹿皮，还经常强行驱赶高山族部落进深山为他们采集硫磺，造成死者无数。令人发指的是，他们还多次到高山族村落进行民族清洗，比如明朝崇祯五年，公元1632年，发生的宜兰惨案，西班牙人在台湾东北部的宜兰地区烧杀抢掠，焚烧村落。对照他们在北美和南美对印第安人的所作所为，西班牙人在台湾统治的十六年，可谓一脉相承。
西班牙人占有台湾的最主要目的，还是为了能控制从日本到东南沿海的航线，即从日本获得白银，从中国获得可以在国际市场卖高价的瓷器、丝绸等货物。他们占有的台湾北部，距离日本更近，贸易也更繁荣。
最初西班牙人也尝到了甜头，从明朝天启六年，公元1626年，到明朝崇祯五年，公元1632年，是西班牙人占据台湾的黄金时期，当时仅基隆一地港口，每天停泊的外国船只就有数十艘。
如今基隆湾里的和平岛，也就是西班牙人修建的萨尔瓦多城里，现任的菲律宾总督胡安·尼诺·德·塔波拉正和拉姆斯菲尔德勋爵焦急的等待一个人的回复，他们已经在城楼上最高处看到一艘挂着“血海