杨光先请诛邪教，镌若望职。至是以光先为监副，寻升监正，仍用回回法。南怀仁具疏讼冤。八年，复罢光先，以南怀仁充汉监正，更名监修，用西法如初。雍正三年，实授西人戴进贤监正，去监修名。八年，增置西洋监副一人。乾隆四年，置汉算学助教一人，隶国子监。十年，定监副以满、汉、西洋分用。十八年省满、汉各一人，增西洋二人，分左、右。四十四年，更命亲王领之。道光六年，仍定满、汉监正各一人，左、右监副各二人。时西人高拱宸等或归或没，本监已谙西法，遂止外人入官。光绪三十一年，改国子监助教始来隶。
太医院管理院事王大臣一人。特简。院使，初制正五品。宣统元年升正四品。左、右院判，初制正六品。宣统元年升正五品。俱汉一人。其属：御医十有三人，内兼首领�事二人。初制正八品。雍正七年升七品，给六品冠带。宣统元年升正六品。吏目二十有六人，内兼首领�事一人。初制八、九品各十有三人。宣统元年，改八品为七品，九品为八品。医士二十人，内兼首领�事一人，给从九品冠带。医生三十人。
院使、院判掌考九科之法，帅属供医事。御医、吏目、医士各专一科，曰大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、咽喉科、正骨科，是为九科。初设十一科。后痘疹科归小方脉，咽喉、口齿并为一科。掌分班侍直，给事宫中曰宫直，给事外廷曰六直。西苑寿乐房以本院官二人直宿。
顺治元年，置院使，左、右院判各一人，吏目三十人，十八年省二十人，康熙九年复故。十四年省十人，雍正元年又复。豫授吏目十人，十八年省。康熙九年复故，三十一年又省。御医十人，康熙五十三年省二人。雍正元年复故，七年增五人。道光二十三年省二人。医士二十人。十八年省二十人。康熙九年复故，十四年省十人。雍正元年增二十人。凡药材出入隶礼部。十六年，改归本院。十八年，生药库复隶礼部。康熙三年，定直省岁解药材，并折色钱粮，由户部收储付库。雍正七年，定八品吏目十人，九品二十人。后定各十三人。乾隆五十八年，命内府大臣领院务。宣统元年，院使张仲元疏请变通旧制，特崇院使以次各官品秩。初制，入院肄业，考补恩粮，历时甚久，军营、刑狱医士悉由院简选。光绪末叶，民政部医官，陆军部军医司长，与院使、院判品秩相等。至是釐定，崇内廷体制也。又定制，院官迁转不离本署。同治间，曾议吏目食俸六年，升用按察司经历、州判。嗣以与素所治相剌，乃寝。
坛庙官天坛尉，地坛尉，各八人。五品一人，六品七人。太庙尉十人。四品二人，五品八人。社稷坛尉五人。五品一人，六品四人，并隶太常寺。堂子尉八人。七品二人，八品六人，隶礼部。俱满员。掌管钥，守卫直宿，朔望奉芗以行礼。天坛、地坛、朝日坛、夕月坛、先农坛，各祠祭署奉祀、从七品。祀丞，从八品。俱各一人。日、月二坛祀丞后省。帝王庙祠祭署无专员。以汉赞礼郎、司乐内一人委充，并隶乐部。俱汉员。掌典守神库，以时巡视，督役氾埽；凡葺治墙宇、树艺林木，并敬供厥事。四品尉以五品序升，其下以是为差。唯太庙尉以各坛六品尉及各部院休致郎员间次选授。六品等尉吏部牒八旗番送除授，奉祀以祀丞序升，祀丞以祝版生番选除授。
陵寝官三陵总理事务大臣，盛京将军兼充。光绪三十年改归东三省总督。承办事务衙门大臣，光绪三十一年，改盛京守护大臣置。各一人。主事，委署主事，各一人。读祝官八人。赞礼郎十有六人。四品、五品、七品官各一人，六品官四人，外郎九人。旧置户部六品官二人。礼部六、七品官，工部四、五、六品官，各一人。又户、礼、工三部外郎二十人。光绪三十一年，省外郎十有一人。自读祝以下，并改隶三陵总理事务衙门。永陵：掌关防官，四品。副关防官