上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官，成功阳诺，诏金砺等率师还浙江。十年，封芝龙同安侯，而使赍敕封成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龙虑成功不受命，别为书使鸿逵谕意，使至，成功不受命，为书报芝龙。芝豹奉其母诣京师。成功复出掠福建兴化诸属县。十一年，上再遣使谕成功，授靖海将军，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。
成功初无意受抚，乃改中左所为思明州，设六官理事，分所部为七十二镇；遥奉桂王，承制封拜，月上鲁王豚、米，并厚廪泸、溪、宁、靖诸王，礼待诸遗臣王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华若荐、徐孚远等，置储贤馆以养士。名振进率所部攻崇明，谋深入，成功嫉之，以方有和议，召使还。名振俄遇毒死。成功讬科饷，四出劫掠，蔓及上游。福建巡抚佟国器疏闻，上密敕为备。李定国攻广东急，使成功趣会师。成功遣其将林察、周瑞率师赴之，迁延不即进。定国败走，成功又攻漳州，千总刘国轩以城献，再进，复陷同安。其将甘辉陷仙游，穴城入，杀掠殆尽。至是和议绝。
上命郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨成功。十二年，左都御史龚鼎孳请诛芝龙，国器亦发芝龙与成功私书，乃夺芝龙爵，下狱。成功遣其将洪旭、陈六御攻陷舟山，进取温、台，闻济度师且至，隳安平镇及漳州、惠安、南安、同安诸城，撤兵聚思明。济度次泉州，檄招降，不纳；易为书，成功依违答之。上又令芝龙自狱中以书招成功，谓不降且族诛，成功终不应。十三年，济度以水师攻？门，成功遣其将林顺、陈泽拒战，飓起，师引还。
成功以军储置海澄，使王秀奇与黄梧、苏明同守。梧先与明兄茂攻揭阳未克，成功杀茂，并责梧。梧、明并怨成功，俟秀奇出，以海澄降济度。诏封梧海澄公，驻漳州，尽发郑氏墓，斩成功所置官。大将军伊尔德克舟山，击杀六御。成功攻陷闽安城牛心塔，使陈斌戍焉。十四年，鸿逵卒。师克闽安，斌降而杀之。成功陷台州。
十五年，谋大举深入，与其将甘辉、余新等率水师号十万，陷乐清，遂破温州，张煌言来会。将入江，次羊山，遇飓，舟败，退泊舟山。桂王使进封为王，成功辞，仍称招讨大将军。十六年五月，成功率辉、新等整军复出，次崇明，煌言来会，取瓜洲，攻镇江，使煌言前驱，溯江上。提督管效忠师赴援，战未合，成功将周全斌以所部陷阵，大雨，骑陷淖，成功兵徒跣击刺，往来剽疾，效忠师败绩。成功入镇江，将以违令斩全斌，继而释之，使守焉；进攻江宁，煌言次芜湖，庐、凤、宁、徽、池、太诸府县多与通款，腾书成功，谓宜收旁郡县，以陆师急攻南京。成功狃屡胜，方谒明太祖陵，会将吏置酒，辉谏不听。崇明总兵梁化凤赴援，江宁总管喀喀木等合满、汉兵出战，袭破新军，诸军皆奔溃，遂大败，生得辉犹数万，弃瓜洲、镇江，出海，欲取崇明。江苏巡抚蒋国柱遣兵赴援，化？杀之。成功收馀凤亦还师御之，成功战复败，引还。煌言自间道走免。
上遣将军达素、闽浙总督李率泰分兵出漳州、同安，规取？门。成功使陈鹏守高崎，族兄泰出浯屿，而与周全斌、陈辉、黄庭次海门。师自漳州薄海门战，成功将周瑞、陈尧策死之，迫取辉舟，辉焚舟。战方急，风起，成功督巨舰冲入，泰亦自浯屿引舟合击，师大败，有满洲兵二百降，夜沈之海。师自同安乡高崎，鹏约降。其部将陈蟒奋战，师以鹏已降，不备，亦败，成功收鹏杀之，引还。十七年，命靖南王耿继茂移镇福建，又以罗讬为安南将军，讨成功。十八年，用黄梧议，徙滨海居民入内地，增兵守边。
成功自江南败还，知进取不易；桂王入缅甸，声援绝，势日蹙，乃规取台湾。台湾，福建海中岛，荷兰红毛人居之。芝龙与颜思齐为盗时，尝屯于此。荷兰筑城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿