十年夏五月，俄人袭取伊犁，复欲乘胜收乌鲁木齐。帝命将军、参赞大臣等止其进兵，不省。既又出兵二千，欲剿玛纳斯贼，以有妨彼国贸易为词。中国命荣全、奎昌、刘铭传等督兵图复乌鲁木齐，规收伊犁。俄人既得伊犁，即令图尔根所驻索伦人移居萨玛尔屯。又于金顶寺造屋，令汉、回分驻绥定城、清水河等处。复遣人赴喀喇沙尔、晶河，劝土尔扈特降。又说玛纳斯贼投降。事闻，命防阻。十二月，俄人请援各国例通商琼州，许之。是年，俄人带兵入科布多境。谕令退兵，久之始去。
十一年四月，伊犁将军荣全与俄官博呼策勒傅斯奇会于俄国色尔贺鄂普勒，议交还伊犁事。俄官置伊犁不问，仅议新疆各处如何平定，并以助兵为言，要求在科布多、乌里雅苏台、乌鲁木齐、哈密、阿克苏、喀什噶尔等处通商、设领事，及赔补塔城商馆，及匡苏勒官庞龄等被害各节，并请让科布多所属喀喇额尔济斯河及额鲁特游牧额尔米斯河归俄。荣全等拒之。博呼策勒傅斯奇遂置伊犁事不议。已忽如北京总署，请仍与荣全会议。博呼策勒傅斯奇又忽辞归国。至是接收伊犁又迟延矣。
八月，俄人载货入乌鲁木齐所属三塘湖，请赴巴里坤、哈密等处贸易。阻之，不听。既闻回匪有由哈密东山西窜察罕川古之信，乃折回。已复有俄官来文，谓伊犁所属土尔扈特游牧西湖、晶河、大沿子居民均归顺俄国，中国军队不得往西湖各村。中国以当初分界在伊犁迤西，并无西湖之名，西湖系乌鲁木齐所属军队，原由总署与俄使议有大略，何可阻止？拒之。时荣全将带兵由塔赴伊安设台站，俄人以越俄国兵所占地，不许。又阻荣全接济锡伯银两。十月，俄商赴玛纳斯贸易，中途被杀伤五十馀人。十二年夏四月，俄人忽带兵及哈萨克、汉、回等众，入晶河土尔扈特游牧，索哈萨克所失马，并执贝子及固山达保来绰啰木等，又修治伊犁迤东果子沟大路，更换锡伯各官，图东犯，又于塔尔巴哈台所属察罕鄂博山口驻兵，盘诘往来行旅。十三年八月，俄人自库伦贸易入乌里雅苏台建房，诘以非条约所载，不省。旋命陕甘总督左宗棠督办新疆军务。
光绪元年夏五月，俄游历官索思诺等来兰州，言奉国主之命，欲与中国永敦和好，俟中国克复乌鲁木齐、玛纳斯，即便交还。左宗棠以闻。既而左宗棠以新疆与俄境毗连，交涉事繁，请旨定夺。帝命左宗棠主办。
三年，议修陆路通商章程。俄使布策欲于伊犁未交之先，通各路贸易。中国不允，仅允西路通商，而仍以交收伊犁与商办各事并行为言。俄人又以荣全张示激伊犁人民不遵俄令，乌里雅苏台官吏擅责俄人，江海关道扣留俄船，英廉擅杀哈萨克车隆，及徵收俄税，指为违约，谓非先议各事不可。会新疆南路大捷，各城收复，回匪白彦虎等窜入俄，中国援俄约第八款，请其执送。屡与理论，未决。
四年五月，命吏部左侍郎崇厚使俄，议还伊犁及交白彦虎诸事。十二月抵俄。五年二月，与俄外部尚书格尔斯开议。格尔斯提议三端：一通商，一分界，一偿款。而通商、分界又各区分为三。通商之条：一，由嘉峪关达汉口，称为中国西边省分，听其贸易；一，乌鲁木齐、塔尔巴哈台、伊犁、喀什噶尔等处，称为天山南北各路，妥议贸易章程；一，乌里雅苏台、科布多等处，称为蒙古地方，及上所举西边省分，均设立领事。分界之条：展伊犁界，以便控制回部；一，更定塔尔巴哈台界，以便哈萨克冬夏游牧；一，新定天山迤南界，以便俄属浩罕得清界线。崇厚皆允之，惟偿款数目未定。崇厚以闻，命塔尔巴哈台参赞大臣锡纶接收伊犁及分界各事。既议偿款卢布五百万圆，俄亦遣高复满等为交还伊犁专使。
崇厚将赴黑海画押回国，而恭亲王奕䜣等以崇厚所定条款损失甚大，请饬下李鸿章、左宗棠、沈葆桢、金顺、锡纶等，将各条分别酌核