东京西部占据并占有琦玉县和神奈川县一部分的圆形城市，这里居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市。分为23个学区。和外部隔离，拥有领先世界20~30年以上的最尖端科技。“超能力开发”被列为学校课程的一部分，所有学生都接受超能力开发。
夜晚的学园都市并不像其他的大都市一样热闹，在这个以学生为主的大城市里，门禁时间已经过了还在街上游荡的学生绝不多见，因此学园都市的夜晚显得不是很有活力。
冷清的街道上，一个白发、身形消瘦的少年在缓慢的走着，少年身上穿着印有白色条纹的黑色的T恤，血红色的双眼使得没什么表情的少年看起来有些狰狞，
（话说今天的实验是在哪里来着？…算了，反正那些劣质品肯定能找得到我就是了。）
少年想着这些没什么营养的事情，完全没有注意到自己什么时候已经走进了一条小巷，得到他回过神的时候，发现面前站着一位有着茶色齐肩发的少女，少女穿着学园都市五大名校之一的常盘台中学的校服，校服的右下侧别着一枚印有奇怪青蛙图像的徽章，额头戴着一个军用护目镜，纤细的身体背着一个黑色吉他箱，当然少年知道那里面装的并不是什么乐器，而是武器。
（哦，来了呢，这个是今天最后一个了吧。）
少年露出一种可以称之为狞笑的表情看着面前的少女，虽然面前的少女相比自己之前遇到的那些多出一枚徽章，不过少年完全没有注意，或者应该说是没有在意，对于少年来说，面前的少女就和路边的蚂蚁一样，是那种随随便便就可以踩死的存在，恐怕没有人会在意一个蚂蚁与其它蚂蚁有什么不同吧。
“现在是二十点四十八分，距第九九八二次试验十一分四十秒，请你移动到指定的地点。”
少女用着不含一丝感情的声线和表情说道。
（虽说已经听过很多次了，不过这种和电脑合成一样的声音真是令人恶心啊。）
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在学园都市内部的另外一处，一个从外表上看与正在进行什么实验的某个少女长相完全一样的少女在无人的大街上狂奔，而这个外表普通的茶发少女正是学园都市七大超能力者（level5）之中NO。3，常盘台的王牌，最强的电击公主——御坂美琴。
今天对于御坂美琴来说真是让人心情复杂的一天，原本因为某个实验终止而感到心情无比放松的御坂美琴却意外遇到了一个理应不存在的人，那是一个无论衣着还是外表都与自己相同的少女，一个因为某个实验而被制造出来的，自己的克隆人。
难以置信，这是御坂美琴在遇到那孩子，也就是自己的克隆人时的第一感觉，明明自己已经确认过了，实验应该已经终止了才对，为什么还会有这种家伙存在。
可是，就在御坂美琴质问对方的时候，却被告知需要通行指令，那个少女不会告诉没有通行指令的御坂美琴任何情报，于是，御坂美琴决定跟踪她，可是…
（为什么到最后感觉像是我陪她玩了一天呢，还把娃太送给她了…真是的，这样不就像真正的姐妹一样了吗）
“永别了，姐姐大人。”
这是那孩子最后对自己说的话，让人有种不好的感觉。
御坂美琴跑到了一个电话亭，给自己的好友，“书库”的管理员之一，在黑客界被誉为学园都市的“守护神”的风纪委员——初春饰利，打了一个电话。
“初春，晚上打扰你不好意思，虽然很唐突，但是你知道