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阁臣大学士魏广微读信后，颇感为难。构陷杨左六人，他实参与其中，如今再由自己出面营救，这不是自己打自己的脸吗 ？ 再说魏公肯定反对，继而会发怒大骂自己，这得罪了魏公还了得 ？接着他又转念一想，崔景荣现掌吏部，吏部又是六部之首，权限极大，就连阁臣也须由他推荐，今后用着他的地方还多着呢，崔也是不能随随便便拒绝的 ？魏广微权衡再三，决定先给皇上写一封密信，以身为阁臣从不知有这样一份由内阁票拟的“五日一追比，完赃后送刑部拟罪”的御旨，而感到不胜惊愕；接着他指出杨涟等在今日虽是有罪之人，而昔日实为辅佐大臣，纵使赃私是真，也应发往刑部，若像现在逐日严审，死期将不远，这样做不但有违祖宗之制，而且会引起朝政日乱，与古代明君的做法大不同也！……
魏忠贤得知了广微“密揭”内容，十分恼怒，心说“五日一追比”的御旨是我让顾秉谦拟写的，你魏广微不知就不知吧 ？怎么着，你胆敢上疏为杨涟鸣不平，反了你啦 ？……此时少詹事冯铨正在魏忠贤身旁，冯觊觎阁臣的位子已多时了！今见九千岁对广微大为不满，便投石下井，说广微“密揭”所言“朝政日乱” ，实是影射魏公，魏忠贤登时大怒，吩咐冯铨起草诏书，痛责魏广微。冯在谕中先是重申杨左等受贿，人神共愤，接着斥责魏广微“徇私避祸” ，并强调今后敢有巧借题目“希图翻案”者，将按祖宗红牌之律，治以说谎欺君之罪。
魏广微读了圣旨，顿时吓得失魂丧魄，慌忙拿着崔景荣的亲笔信，跑到魏忠贤面前表白。魏忠贤冷着脸子，听他讲完了上疏的起因，并没有吭声，魏广微深感大事不妙。紧接着冯铨又指使门生御史门可新，上疏参劾魏广微，说他误听崔景荣，“脚跟不稳” ，并参劾崔景荣“提倡调停之说，以护东林” ，崔尚书很快被削职为民。
事情闹到这种地步，魏广微只得引病回籍。临行前他备下厚礼，亲自送到魏忠贤府上，以析前疑。广微曾在自己扇上题诗，其中有“秋雨沉沉夜未央，蓟门有客欲还乡。……苍狗白云仍变幻，倾葵捧日但悲伤。……”数句，道出了自己一心拥戴魏公，却不料落个鸡飞蛋打的下场，其失落之情，溢于言表。
就在冯铨拟旨的前一日，杨左魏三大臣已命丧狱中。
七月二十四日比较。杨左魏受全刑，顾大章拶、敲五十。刑毕，许显纯大声吼道：“今后六人不准同住一间屋子 ！”于是杨左魏三人被送到大监。一个大监的狱卒，悄悄对经常出入狱中的一个熟人叫“燕客”的说：“今晚，三位大老爷当有‘壁挺’（方言‘死’的意思）。”燕客姓顾，名大武，河北人士。他为人仗义疏财，自听说杨左等忠臣无辜入狱，便从河北来到京城，在诏狱附近租了一间房子，想对几位忠臣有所帮助。因他人缘好善交际，很快就与狱中上下混了个熟脸儿，居然到了可以随便出入的地步。他听了狱卒的预报，十分难过，可又无计可施。
当夜，杨左魏三人果真被害死，刽子手便是锁头（即牢头）叫叶文仲的。叶在牢头中最是狠毒，其次是颜紫。再其次是郭元。据说杨涟死时遭受了铁钉贯耳土囊压身，三日后尸体送出狱外，只剩下一堆枯骨粘肉。时逢盛夏，蛆蚁爬上爬下，已难辨模样。杨涟移监前曾把自己的两份遗书，即《狱中书