农民军在凤阳大肆破坏，尤其是李自成，因自家祖坟早已被明廷下令挖掘捣毁，为泄愤更是纵兵焚烧明祖陵寝殿建筑，而且还将陵区内栽种的三十多万株两百多年树龄的陵松统统烧毁，大火连烧数日不熄，“光烛百里”。农民军士兵烧杀抢掠，无恶不作，有士卒“剖孕妇，注婴儿于槊”，活剖孕妇，枪挑婴儿，对于明宗室成员，见一杀一，朱皇帝留在原籍的的宗亲几乎全部被杀。张献忠抓住了十几个奏乐小太监，强迫他们为自己奏乐助酒，兴奋地飘然欲仙，忘乎所以。李自成见状非常羡慕，向老张索要这群小太监，张不肯，为此两人差点拔刀互殴，闹得很不愉快，几乎决裂分道扬镳。
农民军还将明皇陵盗掘一空，获取了大量陪葬宝物，还将墓中朱氏先祖遗骸随意丢弃道旁，任人马践踏成齑粉......
凤阳府被“流贼”攻陷的消息传到京师，崇祯帝十分震惊，立刻罢免宴饮、女乐丝竹，一身缟素避殿，派遣官员祭告天地社稷，他自己亲自到太庙中哭祭祖宗，匍匐在地，嚎啕大哭，痛不欲生道：
“朕居位无道，天降厥凶，使泉下列祖列宗，遭凶贼蹂躏。吾死后无颜对太祖高皇帝，更无颜面对先哲贤人 ！”
崇祯越哭越伤心，抽抽搭搭，大有以身殉国、追随祖宗而去之势，陪在一旁的大臣如钱谦益、魏藻德、薛国观、孔员运、贺逢圣以及王承恩等心腹太监内侍被其感染，无不悲上心头，痛哭流涕。
就在崇祯帝在太庙中哭祭列祖列宗时，殿外忽然刮起一阵狂风，把祭祀用的红烛全部吹灭， 案上陈列的历代皇帝圣像也都被狂风扫落于地，群臣大惊失色。崇祯见状哀叹道：
“天屡降灾，贼盗四起，国恐将不国！风吹烛灭，分明是不祥之兆无疑”。
说罢抹泪拂袖回宫。农民军攻破中都，捣毁朱明祖陵，如同斩断大明龙脉，这对要强的崇祯帝朱由检来说是个致命的精神打击。
兵部尚书张凤翼惊恐万状，赶紧上书请罪。崇祯格外开恩，让他“戴罪视事”。凤阳巡抚杨一鹏当时在淮安，未在现场，事后又抱病竭力施救， 按理说罪不至死，但被崇祯下令处死，其余的幸存官员或处斩或逮捕下狱或充军流放。随后，崇祯向天下颁布《罪己诏》。等于向臣民检讨自己长期无法平定“流寇”致使其尾大不掉之责。
李自成、高迎祥、张献忠以及其他各路农民军在凤阳停留三日后，明军就从四面八方源源开来救援。张献忠率部突围南下庐州（今合肥）。李自成、高迎祥则带领其他农民军合兵向河南西部奔去，随后辗转被刘松所部逼的去了江西。
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自此以后，广袤的陕西、山西、甘肃以及四川部分一带，再也寻觅不到流寇的丝毫踪迹。尽管这片区域依旧遭遇了干旱的侵袭，并且还处于小冰河时期那极度寒冷的气候笼罩之下，然而，整个福建郑家与晋商所构成的整个体系的运作，纵然无法全然规避天灾所带来的困境，确实也有一些人不幸饿死。但值得庆幸的是，在破虏军不辞辛劳的努力协调之下，通过他们精心的筹划与部署，加之不懈的奋斗和付出，整个西部地区总算稳定了下来。百姓们的生活逐渐回归正轨，农业生产得以慢慢恢复，商业活动也重新焕发出一丝生机，社会秩序逐渐重建，久违的安宁与平和重新降临在这片曾经饱受磨难的土地之上。
于此同时，轰轰烈烈的打土豪分田地工作也在紧锣密鼓、有条不紊地进行当中。
在这个拥有几千年封建历史的帝国，土地改革这项工作的难度之大，着实有些出乎了刘松的意料之外。无数个日夜，众多的工作组满怀热忱地深入基层，然而他们遭遇的，却是重重的阻碍与危机。许多工作组在外出执行任务时，竟遭到了地主武装的残忍杀害。更令人痛心的是，还有相当数量不明