2005年6月22日，郑筱萸被免去国家食品药品监督管理局局长、党组书记职务。表面上看，郑筱萸安全着陆。
粉碎“四人帮”以后，鉴于干部年龄老化，邓小平提出干部制度改革，改变领导职务终身制，中国的退休制度逐步建立和完善。按照中国目前的退休制度，一般干部至副部级以下官员，年满60岁即要退休，正部级干部退休年龄为65岁，而国家级领导人则干到70岁左右。
郑筱萸离开企业调任浙江省总工会主席，行政级别为司局级，那时他年仅40多岁。1994年4月奉调进京任国家医药管理局局长、党组书记时升为副部级，他才50岁，以后虽然机构数度变化，但他的行政级别一直保持在副部级。
2004年12月10日他年满60岁，按照中国官员的退休制度他应该退休了，可不知什么原因，直到半年以后的2005年6月才办理退休手续。
郑筱萸在副部级岗位整整干了10年零6个月，而且一直在同一个权高位重的岗位干了10年，可以肯定，对中国的退休制度他比谁都清楚，他预知即将退休，在他即将离开局长岗位的几年里，他的心态肯定与当年兴冲冲进京迥然不同。那时，他将进京作为人生的一个新的台阶，作为一个可以尽情展示才华的大舞台，他对自己的前途信心十足。
药监局长的10年是郑筱萸人生之旅的最后一段辉煌、诡谲的时光。他如同一位水手，驾驶着人生的小船一路走来，终于驶入了一片崭新的海域。他驾驶的小船上一派丰收的景象：经过几十年的拼搏，他位居高级干部的副部长级行列；他经历了中国医、药两届的激烈变革，创建了医药监管体系，并在这个岗位上大权在握一干就是10多年，巨大的权力所带来的种种陶醉、愉悦、荣誉、快乐他都一一品尝过。
作为一位水手，在预知水手的使命来日不多的时候，他或许已经心力交瘁，10多年在骇浪之中游走，其中的酸甜苦辣只有自己最为清楚。法庭上，郑筱萸谈起自己在药监局长任上的表现时，一直津津乐道，他的辩护律师也对他担任局长期间所作的贡献，尤其是带病坚持工作赞赏有加。
在郑筱萸出事之前，许多人对这些年医药界出台的一系列措施大加赞扬，尽管医药界的乱象已经民怨沸腾，有的人包括有的领导仍然认为这些年的GMP认证、“地标升国标”符合国际浪潮，是与国际接轨的重大举措。在有些人眼里，郑筱萸是个没功劳有苦劳的人物。有些人则认为他毁誉参半。当然，也有许多人认为中国的医药乱象他应该负责。
郑筱萸安全着陆了，可以像许多退下来的老干部们一样，子孙绕膝、安度晚年了。退下来的郑筱萸想必对自己的官场生涯会作出总结，也很可能有许多惊人之语，遗憾的是我已无缘与他交流，当然无法了解他内心深处的想法。但是，退下来的郑筱萸像中国的许多官员一样，在一些民间组织中还兼有职务，他还经常乘着飞机在天上飞来飞去，从他与朋友们的闲聊中，从他在一些场合的讲话中，我们可以窥见他的一些心路历程——。 最好的txt下载网
郑筱萸和他的秘书们 第三节（2）
他不能不正视由他监管的医药领域民怨已经沸腾，但他坚持认为自己辛辛苦苦，做了大量工作，如同他在法庭上为自己辩解的那样。他承认自己有错，但功劳也是巨大的，他不会想到自己会走进牢狱，更不会想到很快就会走到生命的尽头。
智者和贤达从他所驶入的看上去静谧安详的海湾，看到的却是波平浪静下的暗流涌动和潜伏在水下面目可狰的块块礁石。郑筱萸从行政领导岗位上退下来后，还保留一些群众团体或事业单位的职务，他所担任的职务是中国药学会理事长。正是由于有了这些职务，他在一段时间没有从人们的视线中消失。