鲁地方，烧毁碉楼四十余座。碉楼内所居的男妇老幼，俱被一把火烧死。李质粹上报说班滚已经自焚而死。六月，庆复将这一消息上报给朝廷，乾隆帝觉得这件时十分可疑，反复指示对班滚这样的首犯，决不能让其漏网。下令庆复继续在当地四处查访，“留心踪迹，毋留遗孽。”清军暂且收兵。
随后，又爆发了第一次大小金川之战。四川西部金沙江的上游，有两条大河，因山中出产黄金，俗称为大小金川。藏族部落居住在这两条河的附近地区。大金川首领嘉勒塔尔巴于1666年被清廷授予嘉勒巴演化禅师职衔，统领部众。他的后世孙子莎罗奔曾随岳钟琪部进军西藏，有功于清廷。1723年被授予金川安抚使的封号。莎罗奔依靠清廷的支持，雄据一方，声势渐盛。又将自己的女儿阿扣嫁给小金川首领泽旺，希望借此控制小金川。1745年，莎罗奔曾捉拿了泽旺，后来被川陕总督庆复制止了。
乾隆十二年（1747）正月，四川巡抚纪山上奏朝廷说，莎罗奔侵占了邻近的革布什咱土司的地方，彼此展开一场仇杀，并诱夺了泽旺的印信。乾隆帝认为这是土司之间的“小小攻杀”，应当任其自行消解，不必派军讨伐。随后，庆复又上奏说莎罗奔“近攻革布什咱之正地寨，又攻明正土司所属之鲁察景谷，番民望风畏避。坐汛把总李进廷抵敌不住，退保吕利。”乾隆帝得报大怒，说“看此情形，则贼首恃其巢穴险阻，侵蚀诸番，张大其势，并敌扰我汛地，猖獗太甚。”三月，调任镇压苗民有功的云贵总督张广泗为川陕总督，会同庆复相机进剿。
张广泗领兵三万进攻金川。六月，小金川土司泽旺及弟良尔吉来降。张广泗即驻兵于泽旺的美诺寨，命良尔吉从征。庆复被召回京。张广泗分兵两路攻打大金川。莎罗奔凭借天险，阻断山路，并修筑了石垒，使清军无法前进。十月，纪山及张广泗先后奏报莎罗奔请求投降。乾隆帝不同意，认为这次大军云集，就应当彻底剿灭，不能草草了结。命张广泗等一定要把莎罗奔擒获住。
在此期间，张广泗察知下瞻对首领班滚并没有死，而是躲藏了起来，庆复上奏说班滚自焚一事不实。乾隆帝命他继续查访核实，并将庆复免官，与李质粹一同下刑部审讯，最后以贻误军机论斩。1748年正月，张广泗又奏请增兵一万进攻，但到了三月，战事仍无进展。四月，乾隆帝命大学士兼吏部尚书讷亲为经略大臣，到四川督师，并起用以前被削职的岳钟琪到军中听用，起用董芳为四川重庆总兵，跟随出征。
大金川以勒乌围与噶尔两寨为主要据点。莎罗奔自己驻军勒乌围，其侄郎卡据守噶尔。六月间，讷亲到了那里，立功心切，限令三日攻打下噶尔。于是清军发起猛攻，结果总兵任举、参将买国良战死，不得不无功而退。张广泗一贯瞧不起讷亲，进攻发起后，不与讷亲部队配合，造成清军各部的之间的互相推诿。讷、张不和，军心瓦解。讷亲上疏弹劾张广泗“糜饷老师”。岳钟琪至军，升为四川提督。雍正时，岳钟琪曾经遭到过张广泗的弹劾，因而被罢了官。这时，他也密奏张广泗玩兵养寇，信用良尔吉，泄露军机。九月，乾隆帝将张广泗革职，交刑部治罪。十二月逮捕入京处死。讷亲也被召回京，以贻误军机革职治罪。次年正月，被处死。
乾隆帝先后多次发动对瞻对和大小金川的征剿，战事经年，为当地居民带来极大的灾祸，清廷也遭受了重大的损失。战争的发动，并非由于藏族居民反抗清廷，而只是因为边地出现了某些纠纷。这些纠纷本来并不是不可以妥善处理的。乾隆帝轻率出动大兵，又一再拒不接受当地土司首领的投降，务期“尽灭，”以维护所谓的军威国体，实际上也就是树立乾隆帝的声威。乾隆帝的横暴的镇压，遭到边地居民的顽强抵抗。清廷先后处死大学士、总督等满汉重臣三人，将官多员战死，伤亡兵士数千