防止他自杀，就以非法藏匿和分发大麻的罪名将其逮捕。
逮捕后的''盖西''交代了自己所有的罪行，以及尸体的埋葬地点。
随后警方在''盖西''家中除了搜到了手铐、折刀、绳索等作案工具及色情书刊还有27具尸体。
还有3具遇害人尸体在德斯普兰斯河里发现，而这些尸体年龄都是14到21岁的男性，不过还有7具受害者的遗骸至今未确认。
后直到1980年''盖西''被判处死刑缓期执行。
缓刑期间，盖西被确诊为精神病患者。
可他对自己的罪行没有表示任何的悔恨。
还说到''判处我死刑也不会弥补别人的损失，并认为这判决是针对我的谋杀''以及最后嚣张的话''Kiss my ass''。
过在狱中的''盖西''却成为了一名画家，并还创作了很多的作品。
其中有一幅关于小丑的画像，写着''再见，小丑破格''。
于是''盖西''在1994年5月9日执行死刑。
可在当天下午，他在狱中与家人吃了一顿肯德基快餐。
晚上，他与一名天主教神父祈祷，最后被注射死刑。
1994年5月10日上午12:58，在盖西确认死亡后，他的大脑被移除。
这是海伦·莫里森博士的建议。
他曾采访盖西和其它连环杀手，希望能发现暴力反社会人格所具有的共同特质。
盖西被执行死刑后，大脑检查没有发现任何异常。