最重要的目的之一，就是安置湘军水师的“有功员弁”。
湘军和太平军的战斗，基本上都发生在长江流域。长江成为双方彼此攻伐的最重要的战略通道，谁能控制长江水道，谁就能取得战略优势，并最终获得战争的胜利。在某种意义上，在湘军和太平军的战争中，水师比陆师更加重要。
负责组建、管领水师的彭玉麟，一直在曾国藩麾下作战，却最终和曾国藩齐名，原因就在这里。
在这个大背景下，湘军水师迅速成长壮大起来。当时。整个长江水道，由西到东。由南至北，官军战船，无不悬挂湘军旗帜。
这个情况，终于引起了某些满洲亲贵的不安。官文就曾上折，建议朝廷，在绿营的编制底下，设立经略长江水道的“水师专营”，以替代湘军水师。
这自然是行不通的。绿营如果堪用，哪里会出来“湘军”这样东东？
官文没有想到的是，他的奏折，不但让曾国藩警惕起来：必须未雨绸缪了；同时，也给了曾国藩对应的灵感。
不久之后，曾国藩奏请设立“长江水师”。表面上，他好像在附和官文的建议，内里却刚好相反：官文是想另行组建一支水师来取代湘军水师，曾国藩却声称“利器不宜浪抛，劲旅不宜裁撤”，新组建的长江水师，应以湘军水师为班底。
其实就是湘军水师换块牌子罢了。
新组建的“长江水师”，是朝廷的“经制”部队，就是说，打完了仗，也不必裁撤的。
这样，战争结束后，湘军水师的“有功员弁”就有地方安置了。
为了保证这个目的之达成，曾国藩、彭玉麟拟的长江水师将弁任用制度，近乎荒唐：长江水师的副将、参将、游击出缺，其中七成，要从长江水师将弁中题补，剩余三成，才由兵部选派。都司以下出缺，则全部由长江水师提督从长江水师人员中遴选。
前文提到，长江水师提督独立于沿江各省督抚，并和“本境督抚”一起，对长江水师各职官实施“双重领导”——这样，名义上就对朝廷有了交代：长江水师还是朝廷的“经制之师”嘛。可是，实际操作上，“本境督抚”的“领导”是虚的，只有长江水师提督的“领导”是实打实的。
这其实也出于曾国藩、彭玉麟的精心设计，以保证长江水师的独立性，使外来之人，无法进入长江水师，分薄湘军的缺分。
就是说，基本上，曾国藩、彭玉麟把长江水师搞成了湘军的“独立王国”，针插不进，水泼不入。
不过，这个“独立王国”，却是合法的。因为，所有的定规、制度、章程，都经过了“御准”。
总之，彼时的曾国藩，一言九鼎，说啥是啥，两宫皇太后和诸位枢府大佬，心里边再怎么有想法，明面上也不会驳的。
洪杨平定之后，湘军做大比例裁撤必不可免，其他什么因素都不考虑，单单从经济上来说，农业社会的生产力，不可能长时间按战争时期的标准供养庞大的军队。陆师的裁撤，曾国藩十分大方，到如今大约只剩不足五分之一了；可是这支长江水师，从头到尾，毛都没有动过一根。
轩轾轻重，可以想见。
这支长江水师，曾国藩、彭玉麟都是要一力维护的，只是具体的方式大不一样：
曾国藩自奉甚简，对下属却是极厚，兼之功成之后，冲退谦抑，持盈保泰，愈来愈不喜多事，黄翼升又是他的“私人”，所以，对长江水师的种种弊端，睁一只眼闭一只眼，甚至装作啥都没有看见。
彭玉麟的性格，刚直清介，却不能容忍黄翼升之流肆意败坏自己手创的劲旅。且他认为，黄翼升等人这么瞎搞，实是售人话柄，自毁长城，若不予以彻底整顿，外界的压力会愈来愈大，迟早压垮这支自己费了无数心血的水师。