彻底闲下来了，他开始续写自传。他在1786年11月26日开始，以后几次中断；1788年10月22日起又写到12月9日结石病重为止。至此，富兰克林不能再执笔写作了。那以后，他只能口述，由外孙笔录。
富兰克林这个一辈子都在和命运抗争的人，到病弱的晚年仍是如此。只要病势减轻，他便握笔写作，直到1789年6月当费拉德尔菲亚学院重组时，他还写了《关于费拉德尔菲亚学院原创办者意图的思考》。
退休后的富兰克林不缺少友谊，他写道：“朋友们用他们的友谊来宠我，现在我有时间来接受和享受了。”但令他伤感的是他常常不得不和朋友的后代打交道。当年和他一同创办救火队的第一批队员，如今只有4个人还活在人世。他和国外朋友的联系也没有中断过。制宪会议闭幕后，他于1788年10月24日给法国朋友写信说，希望在法国建立共和制，并谈到自己为农场建立保险机构的想法。1789年5月他又写道：美国的政府可以便国家和人民幸福。目前美国的危险是一些老州倾向于统治者拥有过多的权力，侵及人民的权力。他还向他的法国朋友谈到人权。到法国资产阶级大革命爆发后，他对他热爱的法国的政局变迁一直极为关注。
富兰克林从政治生活引退后，积极地参加废奴运动。富兰克林也曾拥有过奴隶，也曾替人登广告出售奴隶，但他早在1751年就指出该制度在经济上的弱点。1758年他在伦敦时建议建立第一所黑人学校；1775年，教友会教徒建立了第一个废奴团体——宾夕法尼亚促进废奴协会，但在独立战争期间，基本上无所作为。该会直到1787年富兰克林任会长后才重新活跃起来，曾在班迪吉非法进行救助自由黑人的活动。1789年11月9日，该协会请愿要求支持“对公众的讲话”并为之提供资金。富兰克林在“讲话”上签了名。1790年2月12日该会将“讲话”呈交第一届国会。直到5月23日，富兰克林还写了幽默散文“关于奴隶贸易”。
退出政坛的富兰克林仍关注国内政治。1784年9月16日他给华盛顿写了信；1790年3月1日他在写给耶鲁大学校长坎兹拉·斯蒂尔斯的信中还谈到宗教宽容的问题。
富兰克林度过的最后一个冬天是在亲人环护中度过的。他的孙女黛博罗每天喝过茶就来陪他。12月里的一天，专程从英国前来探望他的波莉为了减轻他的病痛，在他病榻边念书给他听，他听着听着，不由得也喃喃背出几句记得最熟的诗句。
3月初出发，杰斐逊在赴联邦政府国务卿之任的途中，到费城探望富兰克林，那是这位老人去世前9天。杰斐逊目睹他清晰地一气写完了他此生的最后一封信，暗自为这个久病垂危者惊人的脑力而惊叹。
1790年4月17日，富兰克林忽然起了床，请人们帮他整理一下床铺，以便让他死得像样些。萨拉·富兰克林听了悲上心来，告诉他说，她要他好起来，再活许多年。富兰克林平静地说，“我不希望这样”。他已经看到了最后时刻的来临。
就在那天夜里11点，这位伟人溘然逝去。那时，他的孙子谭波尔和本杰明正陪在他的身边。
4月21日，费城人民为他举行了葬礼，两万人参加了出殡队伍。码头上船下半旗，教堂钟楼里哀钟长鸣，向他最后致敬作别的礼炮声听起来也那么沉重。
4月22日，詹姆斯·麦迪逊在参议院动议为富兰克林的逝世服丧一个月以示哀悼，被不经讨论地通过；6月11日，在巴黎的国民议会中，米拉波动议各国应为富兰克林先生之逝世哀悼三天，拉法耶特、拉·罗其福考尔德附议，议员鼓掌通过；第2年3月1日，富兰克林原来的敌人威廉·史密斯在美洲哲学学会前向路德派教堂发去一篇赞美词，赞美逝去的富兰克林。