二阶段需要四国联军从东京城近点的五个方向同时登陆，并且同时配合陆军向着东京城挺进。这样虽然部队被分散了，但是各部队直接却可以相互支援，侧翼也不容易受到攻击。
但现在虽然四国联军合兵一处，实力大涨之下却也受到敌人来自四面八方的攻击。不断的有战车在四周涌来的变异生物的攻击中爆炸，人类地面部队的火力虽然密集，但是失去了空中支援却也无法做到无懈可击。
就在这个时候，那遮天蔽日的飞行类变异生物终于飞至了人类大军上空，立即就有一部分飞行类变异生物冒着地面上的炮火往下冲去，与此同时从远处又飞来了两股巨大的龙卷风，那两股巨大的龙卷风比之第一条还要粗大不少。只是这两股巨大的龙卷风并不像第一条龙卷风那样由高级变异生物组成，而只是一些普通的变异生物。
“舰队微速前进，拦下那些变异生物。”司徒冰冰知道现在决不能让那些飞行类变异生物攻击地面上的人类部队。与此同时又下令道：“我现在命令，深远，长远两舰最终限定解除，准备进入超负荷过载运转模式，十分钟后全速前进。各舰交替掩护深远，长远两舰。”
随着司徒冰冰命令的下达，深远，长远两舰的舰长和副舰长同时取下挂在脖子上的一把钥匙，走到了主控制台前，将钥匙插入并且一起扭动钥匙。随着钥匙的转动，动力室内完全变成了红色，那是警示灯的灯光，动力室完全封闭，从地面升出另外一套设备自动安装了上去，瞬间整座动力室都微微颤抖起来。
由于人类舰队的突然前进，原本隐约要分成两部分的飞行类变异生物又集合在了一起，并且向着人类的舰队冲去，同时那些变异生物又再次将那些火焰酸液喷向人类舰队。随着一阵阵的兹兹声，几艘受到重点照顾的舰船电磁护盾顿时黯淡了下来。
“两翼舰队加速前进，先头舰队微速度后退，从圆形阵转化为雁形阵，包夹敌人。防空火力全力阻击敌人前军。”敏锐的观察着整个战局，在第一时间改变战术，司徒冰冰完美的执行着她身为总指挥的任务。
刹那间，原本就要短兵相接的人类舰队和那些高级飞行类变异生物之间，竟然又拉开了一些距离，而那些飞行类变异生物刚想要追上去，却被一阵突如其来的炮火炸的晕头转向，刹那间就失去了追击的机会。
与此同时，因为一直组成圆形阵而潜藏在z国舰队后方的m国e国与欧盟舰队，竟然突前来到了那聚集在一起的变异生物群左右两侧。需知舰船的侧翼面积最大，也是最容易受到攻击的地方，但同时舰船的侧翼也能够给予对方最强的火力打击。
刹那间万炮齐鸣，原本已经陷入了无穷无尽的变异生物包围中的人类部队，竟然在这战局的中心对于突前袭来的飞行类变异生物来了一个完美的反包围，除了身后，四面八方都是炮火与导弹，那些防御力并不高却稀少异常的高级飞行类变异生物在雨点一般的火炮中化作尸骸碎肉落向地面。
陷入包围之中的飞行类变异生物再次一哄而散，化整为零从原本的雾霾状变成一只只单独的个体，冲向距离自己最近的人类舰船，他们已经知道陷入重围的它们已经失去了给予人类舰队重创的机会，他们发动了自杀性攻击。
也就在那些飞行类变异生物散开的同时，时钟走过了六百秒。原本跟随在希望号左右的深远，长远两舰突然关闭了电磁护罩并以极高的速度脱离了舰队，直接向着面前刚刚分散的变异生物群冲去，与此同时，四周的战舰也纷纷开火，为他们扫清面前的阻碍。
那些变异生物自然不肯轻易放那两艘战舰离去，况且此时那两艘战舰上还没有电磁护罩的保护，原本分散开的变异生物又向着深远，长远两舰聚了过去。深远长远两舰对此毫无反应，以比普通战舰快不少的速度直穿敌阵而过，目