关于滞留下来的江南军的命运，各国史料可以说众说纷纭。
公元1281年，是为中国元朝至元十八年，日本弘安四年。所以该次战争又被日本称为“弘安之役”。
丧师辱国的范文虎回去后无法交代，于是撒谎告诉忽必烈：“赴日之后，本欲进攻太宰府，不料暴风突袭，集结残部组织战斗之际，万户厉德彪、招讨王国佐、水手总管陆文政等不听节制，仓皇逃逸，臣不得已收拾残军回到高丽，尔后就地遣散。”
元世祖对海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾气与草原和陆地肯定是不同的，在没有证据的情况下，只有相信范文虎的谎言。
一年之后，即公元1282年，在日本沦为奴隶的一名江南军士兵历经劫难逃脱回国，向元世祖忽必烈说出了风暴之后的实情：“诸将各择坚好船乘之，弃军士十余万人于山下”。不久，又有两名士兵也逃回国内，所述与前者相差无几。
元世祖忽必烈震怒，下令将范文虎等征东诸将治罪，独赦张禧。
六 元日关系“政冷经热”
忽必烈无法咽下征日失利这口气。并且高丽国王因为倭寇侵扰频繁、沿海受害严重，上书忽必烈，要求元朝派军队进驻沿海，加强防御。
公元1283年，忽必烈计划再次发兵攻取日本，甚至在人事上做了新的安排：命阿塔海为日本省丞相，与彻里帖木儿右丞、刘二拔都儿左丞募兵造舟。淮西宣慰使昂吉儿上言请求罢兵，礼部侍郎刘宣认为东征“重困民力”。
臣子们的谏言并非只是建立在防止民变这一点上。
在中国南方，有一批南宋遗民再次举起反元旗帜，确切地说，这批反元力量在五年前就已经开始活动，只不过这一年兵力大增，多达十万众，他们将这一年的年号定名为“宋祥兴五年”，连续进军崇安（今福建崇安）、浦城（今福建浦城），并围建宁府。到了公元1283年冬天，这批义军军力更是增至二十万。以至于大元朝廷惊呼：“福建归附之民户几百万……十去四五”。
与此同时，在清远（今广东清远）一带的另一批义军更是敢于称王反抗，并自设丞相、招讨等职，兵力也多达十万众。
于是，元朝开始忙于应付中国南方的人民起义。
窝阔台大汗的直系后裔海都等人更在北线发起进攻，公然挑战忽必烈的蒙古大汗权威。
公元1284年，忽必烈考虑到日本崇尚佛教，派遣王积翁与僧人如智前往日本再次出使，不料同行的人中有不愿前往者，他们共同谋杀了王积翁，这批使团根本没有到达日本。
两年之后，面对棘手的南亚事务，忽必烈的征日欲望再次被搁置，他自己说：“今交趾犯边，宜置日本，专事交趾。”
日本再次免于忽必烈东征蹂躏——大陆各地对这个超级帝国的抵抗分散了忽必烈的注意力，这一点不得不说是一个极其重要的因素。
忽必烈并没有最终放弃征服日本。
在第二次东征战争结束十一年之后的公元1292年，元又向日本发出了牒状，并付上了高丽国的国书。同年3月，忽必烈甚至向琉球派遣出一支船队，他似乎打算对前两次的作战计划和登陆地点进行调整。
第二年2月，元朝又在鸭绿江至耽罗岛的海路上设置驿站，并直接从元朝派专人负责，忽必烈甚至从中国南方运粮十万石至江华岛。
但是在公元1294年，忽必烈死了。
元成宗大德二年，即1298年，江浙省平章政事也速答儿上书请求用兵日本。元成宗答道：“今非其时，朕徐思之。”
这位新的皇帝与其前代有所区别，在位之时，他试图改变整个国家战略，停止对外战争，专力整顿国内军政。他在汉族顾问的建议下，