希臘軍民的勝利嚴重挫傷了土軍的士氣，士兵害怕送命，拒絕參戰，土軍陷入一片混亂。然而，希臘起義軍領導集團內部發生分裂，軍政首腦忙於權力之爭，貽誤了有利戰機。起義軍未能乘土軍混亂之際，擴大戰果，解放中、北部地區，以贏得獨立戰爭的勝利。1824年4月，希臘召開第二屆國民議會，科羅克特洛尼斯被解除總司令職務。以科為代表的&ldo;民主派&rdo;不服，拒絕承認政府。希臘出現兩個政府並存的局面。
伯羅奔尼撒的封建勢力乘機聯合&ldo;民主派&rdo;，反對&ldo;親歐派&rdo;。
經過兩次激烈的武裝衝突，&ldo;民主派&rdo;遭失敗，科羅克特洛尼斯本人被捕。希臘內部戰爭結束，起義軍力量蒙受重大損失。
1824年7月，土耳其統治者與其藩臣埃及統治者簽訂協定，共同鎮壓希臘人民起義。1825年2月，埃及陸海軍9萬大軍在伯羅奔尼撒半島南部登陸。希臘軍隊雖英勇抵抗，仍未能阻擋埃軍的進攻。希臘政府迫於社會輿論壓力，釋放科羅克特洛尼斯，再次委任其為總司令，但是，戰局已難扭轉，埃軍占領特里波利斯及半島絕大部分地區。1825年5月，土埃軍近4萬人聯合圍攻希臘西部重鎮‐‐米索隆基市。經11個月的圍攻和封鎖，守城軍民頑強戰鬥，寧死不屈。1826年4月22日，守城軍民英勇突圍，僅有300多居民生還。
1827年6月，科林斯地區以北的希臘國土落入土耳其軍之手。自由希臘僅保留伯羅奔尼撒一部分國土和愛琴海上的若干島嶼。但是希臘人民的鬥爭並沒有結束。
戰爭第三階段（1827‐1829年），戰爭國際化。由於希臘獨立戰爭曲折的發展歷程，世界輿論加大，對歐洲大國利益的影響加深，促使俄、英、法等國的關注，尤其是沙俄政府。
早在1825年，俄國政府為鞏固俄在巴爾幹半島的勢力，就認為必須支援希臘人的獨立戰爭。俄國一旦占領達達尼爾海峽和博斯普魯斯海峽，無論在貿易和政治方面，無疑都是對英國實力的一個沉重打擊。英國政府是絕對不會同意的，也不願意讓俄國單獨進行干預。於是，英國先與俄國達成某些讓步，以此牽制俄國的行動。1826年4月4日，兩國在彼得堡簽訂關於聯合調處希土停戰和希向土納貢獲取自治的議定書。議定書規定，英俄兩國都不在希臘謀取特權。
面對國際環境的變化和國內鬥爭的嚴峻形勢，希臘政府內部兩派鬥爭暫時緩解。1827年4月，在特萊辛召開第三屆國民議會，各派達成妥協，一致選舉卡波狄斯特里亞為總統。
該總統曾任職於俄國政府，他的當選進一步證明俄國對希臘政治的影響，從而，加速了歐洲列強對希臘戰爭的干涉。
1827年7月6日，英、法兩國與俄國在倫敦簽訂三國協約，重申1826年彼得堡議定書的條款，並補充規定，要求希土雙方立即停火，否則三國將共同採取強制措施制止希臘戰爭。土耳其當局駁斥倫敦協約的一切條件，拒絕停止軍事行動。1827年10月20日，英、法、俄三國艦隊與埃土艦隊在納瓦里諾海灣進行交戰。經4小時激烈海戰，埃土聯合艦隊遭重創。1828年4月，俄土戰爭相繼爆發，俄軍穿過巴爾幹半島，進入馬里查河谷，攻占阿德里安堡。1829年，土耳其被迫與俄國簽訂《阿德里安堡條約》，接受俄、英、法三國倫敦協約。
希臘起義軍利用俄土戰爭之際，先後解放了部分國土。
1829年5月14日，解放米索隆基市；9月，起義軍在別特拉與土軍交戰，大獲全勝。1830年4月，土耳其政府接受英、法、俄於1830年2月3日新的倫敦議定書，承認希臘獨立。