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历史上的土方岁三生于武藏国多摩郡石田村（现东京都日野市石田）的一个富农家庭。
父母早早因结核病亡故，土方岁三由二哥夫妻养育长大。
土方岁三自少年时代开始梦想成为武士，但生于农家的他注定与武士无缘，于是这位早早被家人遣往江户，在店铺里充当学徒。
不过土方岁三这人似乎生来不适合当商人，他脾气暴躁，经常与其他店员发生冲突，后来居然又闹出了桃色事件。没办法，土方岁三顺势辞掉了工作，开始以倒卖药材谋生，游历了很多地方。
因为机缘巧合，土方岁三结识了尚在开设道场的近藤勇，于安政六年（1859年）3月29日正式加入天然理心流。四年之后，土方岁三跟随近藤勇等人参加了护卫将军德川家茂的浪士组招募考试，并成为浪士组的一员。
文久三年（1863年）八月十八日，会津藩会同萨摩藩将尊皇攘夷派的长州藩赶出京都，史称“八一八之变”。本来声名低微的浪士组在政变中崭露头角，被赐名为新选组。
以近藤勇为首的势力排挤了新选组中的水户天狗党势力，近藤勇坐上了局长的宝座，而土方岁三被任命为副长。土方岁三的排名虽在近藤勇之下，但他长于谋略，是新选组的实际支配者。
庆应四年（1868年），鸟羽伏见的枪声点燃了戊辰战争战火，新政府和幕府进入对抗状态。
近藤勇因伤在身，委托土方岁三带领新选组参战，但号称精悍的新选组在新政府军的西式枪炮面前依旧难逃一败涂地境地。
土方岁三回到江户之后，痛感旧式刀枪已然过时，如今已经是洋式军备的时代。但是，身为效忠于江户幕府的新选组，明知不敌，也要继续为幕府而战。在幕府重臣胜海舟的指令下，土方岁三与近藤勇将新选组残余队员改组为甲阳镇抚队，并率领甲阳镇抚队一路开往甲斐（现山梨县），试图阻拦步步紧逼的新政府军。
敌众我寡，旧式刀枪也难敌新式军备，不出意外甲阳镇抚队再次败下阵来。土方见战事吃紧，曾恳请江户幕府派遣援军，但幕府不为所动，任凭甲阳苦苦支撑。
土方岁三虽然机智过人，却何曾想到镇抚队本来就是幕府高官胜海舟和新政府谈判的棋子，他们的死活从未被幕府放在心上。
庆应四年4月3日，近藤勇被擒被审问后就判了斩首刑。
土方岁三前往江户恳请胜海舟联系新政府，救近藤勇一命，但胜海舟不为所动。
4月11日，胜海舟与东征大总督府参谋西乡隆盛的努力终于奏效，江户城无血开城。新政府军与幕府军避免了正面冲突，江户城得以保全，没有化为一片火海，胜海舟等幕府高官咸与维新，都摇身一变，成为新政府的官员。
而4月25日，曾经为江户幕府出生入死的近藤勇于板桥刑场执行斩首刑，土方痛失多年的伙伴。
就这样与新政府结下了血海深仇的土方岁三率领部分队员前往会津，与坚持作战的原幕府步兵奉行大鸟圭介的旧幕府军联合。
新政府依逐渐向北进攻，土方岁三一边坚持反抗，一边向更北方行进。在仙台，土方岁三遇见了原幕府海军副总裁本武扬。在江户无血开城之后，新政府要求幕府交出所有军舰，但幕府海军副总裁本武扬不甘心幕府就此灭亡，暗自联系拒绝支持新政府的东北诸藩，私自率领最新型军舰“开阳丸”等8艘军舰，带着同情幕府的法国人顾问离