工业机关保安管理局，主要负责某些研究中心、特殊生产机关和机要部门的安全，共设六个部，分管重工业、军火工业、核研究中心、对外贸易、外商、外国海员等工作。
人事管理局，这是克格勃的组织神经中枢，直接受苏共中央委员会组织部领导，负责克格勃的人事调动和吸收新成员。
克格勃的六个直属部是：
特别调查部，负责对克格勃和苏军总参谋部情报局（格鲁乌）的党政领导人进行调查，办理专案，而且每个专案都要由国家安全委员会主席亲自过目。
国家通讯部，负责控制全国的电台、电视台等全部系统。
保密检查部，负责保卫克格勃总部的安全，防止内奸和失、泄密行为的发生。
经验核对部，负责对苏联国内外间谍特务活动情况进行分析、研究和综合评述，并及时呈送极小范围内的领导人员参阅。
财政经济部，负责克格勃的财政预算和开支，掌握克格勃的财政经费。
档案登记部，又称档案中心。负责克格勃的全部档案，并随时将其综合、整理，编出索引。除此而外，还负责管理培养间谍的学校。它是世界上规模最庞大的资料部门。该部对各国在社会上有地位的人士、官员、科学家以及某个他们认为有可能加以利用或感兴趣的人都要进行调查，将搜集到的详细资料存入“档案中心”。它拥有数百万外国人的档案。另外，它对每一个苏联人都设有“红档”或“黑档”。“红档”是指一般情况记录，“黑档”是他们的重点调查对象。凡被列入“黑档”的人，都会受到国家安全委员会的监视，并不准他们到国外去。
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克格勃的组织机构（3）
除了上述的总局、局、部、处等组织机构外，克格勃还设有几个特殊的部门，比如：驻外情报站，克格勃为开展国外的间谍情报活动，在苏联驻各国的使领馆内都设立了驻外情报站，其活动由第一总局领导。苏联隐藏在使领馆内的间谍情报人员，约占驻外使领馆外交人员的30％至50％。
驻外情报站是克格勃在驻在国进行间谍情报活动的指挥中心。在第一总局设有驻外情报站站部，站部领导五个业务科：情报科、反间谍科、科技情报科、潜伏支援科、行动破坏科。
克格勃驻外情报站在驻在国里设置的数目也不尽相同，如它在美国就设立了三个情报站。设在华盛顿的驻外情报站以驻美使馆为指挥中心进行活动；设在纽约的驻外情报站主要是针对联合国进行活动；设在旧金山的驻外情报站主要针对美国的电子工业中心硅谷。
特别后备队：这是克格勃内部专门以文化、贸易活动为掩护，从事间谍活动的部门。这一部门的成员都是专业人才，如学者、记者、外交官、工程师以及金融、贸易和国际事务方面的专家，经训练后被吸收为成员。他们仍担任原有的公开职务，兼职完成克格勃交给的任务。这个机构除了搜集情报、物色策反对象、监视驻外人员外，重点以文化贸易为掩护来影响舆论。其人员分部在东欧、西欧、北美和亚洲的苏联驻外银行、贸易办事处和政府机构。这一机构由全苏商会主席领导。1985年8月，克格勃官员尤尔琴科叛逃美国后，才将这一机构的部门秘密向外界披露出来。
“信号旗”秘密特种部队：“信号旗”在机构上归克格勃第一总局管辖，直接听命于第一总局局长，是该局的一个特别行动处。它的主要任务是：在敌人的大后方从事侦察情报活动，破坏敌方具有重要战略意义的目标，抢占舰艇和潜艇，确保苏联驻外机构的安全，同恐怖组织作斗争，夺回位于本国或友好国家领土被敌人占领的高度危险目标。动用“信号旗”的决定由政治局作出，而作战命令则只能由克格勃主席以书面形式下达。