俄联邦安全局反间谍措施之二是加紧审判并广泛揭露外国间谍在本国的行为。同年5月，俄联邦科学院科学家芬克尔因叛国罪被判处12年徒刑；同年8月中旬，原俄外交部北美司二秘普拉顿·奥布卡霍夫被控向英国提供秘密情报而受到法院的审判。此后，一名美国人、一名伊朗人和一名俄海军军官，因涉嫌从事间谍和窃、泄密活动而先后被逮捕。对于这些间谍案件，俄安全情报部门授意媒体广泛报道，已达到警示国人的目的。
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俄罗斯间谍情报活动评点（2）
除了媒体宣传之外，俄联邦安全局反间谍措施之三是通过“宽大政策”以收买“谍”心。1998年6月19日，俄前外交官马卡罗夫因间谍罪和叛国罪被判7年徒刑。10月8日，叶利钦总统为其发布了赦免令。马卡罗夫获释后，以亲身经历劝告那些还为外国效力的人们“赶快回心转意”，不要自毁前程，继续破坏“祖国亲人们安宁的生活”。赦免间谍在俄罗斯这个国家的历史上是罕见的。此举意在表明：“国家愿意原谅误入歧途但肯改悔的任何人。”
此外，建立专门的情报传输系统以防泄密，是俄罗斯联邦安全局反间谍工作的第四条措施。俄罗斯通信和情报署自1998年初开始，为国家权力机关建立安全可靠的情报传输和远距离通信系统。同年8月，署长马尔科缅科又宣布，俄机密情报处理系统不再连接公共通信网，也不进入国际互联网，并使用国产密码技术，以防止外国谍报部门的渗透，确保机要通信安全。由于“扎紧篱笆”行动政策得当和打击措施到位，近几年来，俄罗斯国家安全局反间谍部门先后阻止28起外国谍报人员的窃密行为，逮捕29名外国间谍；辨明了400多名外国间谍人员的身份；粉碎了18起俄国公民为私欲向外国人出卖情报的事件。
尽管俄罗斯联邦安全情报系统的对外谍报活动和反间谍能力在逐步回升，并取得了不少成绩，也仍然面临着严峻的挑战。这些挑战和难题是：
在国家解体和国力衰退的过程中，外国谍报人员乘虚而入，在俄罗斯国内的间谍活动愈演愈烈。近年来，由于经济困难、社会问题严重，且国家机构在改革与调整中失去管理功能，使得一些国家在俄罗斯的谍报活动猖獗。俄联邦安全局局长科瓦寥夫曾经在俄国家安全会议上指出，由于国家的崩溃，使得外国间谍在俄罗斯异常活跃，“莫斯科还不曾有过如此多的外国间谍”。该局反间谍部门负责人佩琼金称，西方谍报机构一直在“有目的、有计划”地招募俄国公民充当间谍，同时还“肆无忌惮”地搜集俄罗斯武装力量及其武器装备、军事研究和发展计划等方面的秘密。俄联邦对外情报局局长特鲁布尼科夫则强调指出，东欧一些前盟国的国家谍报部门，正在利用过去与克格勃的密切关系，毫无顾忌地在俄罗斯境内招募间谍，搜集情报，以充当西方间谍机构的代理人，以换取早日加入北约组织和其它经济上的好处。
除了外国谍报机构乘虚而入之外，俄罗斯国内民间情报信息组织大搞非官方情报，也令俄情报当局头痛不已。近年来，由于俄罗斯的改革摧毁了原苏联的庞大官僚机构，使得大量的官员们纷纷下海，自谋生路。这种情况在谍报部门中也同样存在。于是，一些老资格谍报官员或专家投身商界，利用自己的一技之长创办私人保安公司、侦探社等。他们中的一些人利欲熏心，肯为出大价钱的任何国家、组织或个人去干任何事，包括窃取工业秘密、寻觅政府各类报表、提供市场调研报告、分析预测投资风险和社会环境等。这些活动，不可避免地涉及乃至泄漏大量国家秘密。实际上，这些人中有的已经成为外国间谍机构获取俄罗斯机密的谍报工具。但是，由于他们深谙谍报工作规律，精于侦查与反侦查技术，而且掌握着先进的手段，于是便