1；500人，被擒获者3；000人。18；000人的法国舰队，只有1；800人死里逃生。除布吕埃斯英勇阵亡外，法国舰队共伤亡9名舰长，包括卡扎比昂卡和他9岁的儿子。尽管拿破仑在事后对布吕埃斯颇有微词，但这位45岁的海军中将在海战一开始就将生死置之度外了。开战不久，他的头部和身上就多处受伤，半小时后，他的左腿被英国人的加农炮弹炸飞，他仍然不肯离开后甲板的指挥台；但没过多久，他就断气了。
法国舰队被纳尔逊的舰队打得几乎全军覆没的消息对拿破仑无异于晴天霹雳，但他控制住了自己。在他一生的军旅生涯中，他从来不愿意承担任何错误的责任，不论是陆战还是海战，拿破仑很快会将责任推到别人头上，这次自然也不例外。在给巴黎的报告中，他指责这是布吕埃斯的过错。如果布吕埃斯“服从命令”，按照他的旨意在“24小时内”驶入亚历山大港，这场惨祸就不会发生。当然，布吕埃斯中将并没有看到这样的命令。“如果说在这场重大的事件中他犯了错误的话，”拿破仑下结论道，“他的英勇阵亡已经补偿了他的错误。”
根据拿破仑的命令，布吕埃斯曾经对亚历山大港的水深进行过勘测；勘测结果表明水深不够，拿破仑后来也曾经向巴黎如此报告过。但在海战后4个月，拿破仑命令接替布吕埃斯的海军少将冈托姆告诉巴黎，舰队可以驶入亚历山大港！这一次，软弱的冈托姆没有从命，公然对抗他的上司。“我只有在最紧急的情况下才会接受如此重大的责任，我的意见是：驶入这样一个港口对于任何吃水超过20英尺的船只来说都是十分危险的。” 法国舰队中最小的舰只的吃水也接近22英尺。
拿破仑的确提出过让舰队驶往科孚海峡的方案，但这也是不可行的，因为舰队尚未完全卸载，并且没有食物和淡水可供补给。再说，拿破仑所谓的驶往科孚海峡的指令不够明确，有些模棱两可；况且他说过，如果无法驶入亚历山大，也可以在阿布基尔湾停泊。即使布吕埃斯希望出海，如同在发现英国舰队的时候他曾经想到的那样，也是无法实行的，因为当时还有3；000人在岸上。船上的淡水桶已近告罄，储备的食物也仅够在海上航行数天之用，没有哪一个有责任心的舰队司令会命令他的舰队在这样的情况下出海航行的。
尽管如此，在后来给督政府的报告中，拿破仑继续指责布吕埃斯违抗了他的命令，没有将舰队开进亚历山大的旧港，而他的舰队是可以驶进这个港口的。这当然是无稽之谈。他指责布吕埃斯将舰队停泊在阿布基尔湾而不加任何防范措施，这一指责还有一些道理。阿布基尔湾没有进行适当的防御，海滩上也没有， 布吕埃斯也没有派出护卫舰在海湾地区巡逻以便及时发现前来袭击的英国舰队（虽然拿破仑自己也以为英国舰队是在封锁马耳他）。最后，拿破仑又向督政府重复了他过去的论调：“7月5日，我离开亚历山大时曾经命令海军司令在24 小时内驶入那座城市的港口，或者，如果他发现无法驶入港口的话就将舰上的大炮和货物卸下，然后驶向科孚海峡。”拿破仑还认为，他离开亚历山大时以为他的（并不存在的）命令已经执行了。正如布列纳所说的那样：
在拿破仑给政府的战报中从来没有将整个事件的真实情况全面报告过，即使是对他稍有不利的事实，他也会掩饰真相。在可能的时候对事实进行伪装、篡改和隐瞒，他是很内行的。当别人的观点和他不同时，他常常更改别人写的战报，或是加进一些毁谤别人的内容，然后将其付印。为了自己的荣誉他不惜隐瞒事实——他认为不这样做是很愚蠢的。
因此，拿破仑当然没有告诉督政府，布吕埃斯以及其他海军军官曾经无数次地向他请求给舰队补充军粮；他也没有向他们报告，在海战发生前不久，舰队官兵是在靠很少的定量食物和