，采取一切必要手段确保法兰西共和国在红海的利益”， 同时“要和土耳其苏丹保持良好关系……”
在对奥斯曼帝国的领土作毫无理由的入侵辩解了一番之后，督政府抱怨控制埃及政府的马穆鲁克“与英国有着密切的联系”，并愈来愈依靠英国。其结果，马穆鲁克“对法国人民充满敌意并以恐怖和残忍的手段反对法国人民，每天都对他们寻衅滋事、掠夺和杀害”，因此法兰西共和国迫不得已，只有“全线追捕共和国的敌人”。命令最后说：英国已经完全控制了好望角，法兰西共和国别无选择，只有打开通向“印度”的另一条通道。第三道命令指示拿破仑：基于马耳他对法国人的仇视，以及5年前马耳他拒绝承认新成立的法兰西共和国导致法国在地中海的通航瘫痪，故而这次要占领马耳他。随着这3道命令的秘密“发布”，在督政府看来，整个军事行动已经完全合法，可以放手去干了。
战争的策划紧锣密鼓地进行着。次日，拿破仑好像觉得远征军的备战事务还不够繁忙似的，又一次向世人展示了他杰出的战略远见，他向督政府献上了一份题为《对英作战的说明》的长长的形势分析报告。在这份报告中，他告诫督政府：虽然入侵英国的计划被搁置起来，但绝不能取消。事实上，他将这个计划视为全球军事战略的重要部分，入侵埃及只是其另一部分而已——其目的都是为了迫使傲慢的英国人坐到谈判桌上来，与法国和平共处。
东方军总司令的这份令人惊讶的报告，提出法国将在1798年11月从两地登陆：一方面，4万军队从波隆那乘400艘战船出发进攻英国；另一方面，一万军队从被占的荷兰岛屿特塞尔出发进攻苏格兰海岸；与此同时，远征军同时征服埃及。这的确是一个荒谬而不合逻辑的白日梦，为实现这个计划，使法国海军能与英国海军匹敌，拿破仑提出了一个耗资巨大的造船计划，经费高达“4；000万～5；000万法郎”。
这是个看来显得疯狂的计划——就相对弱小的法国海军而言，要想在英国的殖民地印度、埃及和英国本土同时打击英国是完全不现实的——却不能不说是个十分激动人心的计划。拿破仑认为，只有通过这样一个全球性的军事行动才能挫败英国。但是，拿破仑忽视了英国的海军战略，同时严重忽略了法国海军的训练、军官和水兵较差的素质。这是他整个军事生涯中的一个主要弱点。 他制订针对强敌的横扫千军的作战计划时往往以他的个人愿望为基础，没有也不想去了解或考虑对手的军事实力、自己的不利之处或战略上的问题以及他自己可能出现的失败。
很难说拿破仑提出这样的冒险计划是多么蛮勇，或是多么不负责任，或是多么疯狂……说到底，他毕竟才只有28岁！考虑到动荡不安的欧洲，与奥地利刚刚签署的和平协定带来的尚不稳定的和平以及英国仍然在欧洲大陆企图组成新的反法联盟，法国没有可能抽回自己边境和海岸的军队和海军力量。拿破仑目前连凑够埃及远征军的38；000人都有困难，到4月15日还差9；000人，更不用说海军征募新兵的问题和运兵船、护卫舰和攻击舰奇缺的问题了。
最基本的军事装备包括枪支弹药、鞋袜等，对于埃及远征军来说都一直是个问题（拿破仑的正式建议只提计划用兵28；000人）。甚至连面粉供应这样一个简单的问题都有困难：科西嘉由于遭到干旱，水磨房无法运转，大量的小麦无法磨成面粉装船。而且，由于木材缺乏，船只和今后在贫瘠的埃及所用燃料都将是个问题。
最主要的问题，也是成败的关键问题是——如同布吕埃斯提出的那样——法国海军缺乏训练的问题。逃亡、低廉的军饷、恶劣的条件、死亡的威胁和不合格、不守军纪的新水兵和军官，使法国海军形同虚设。军官并不比怕死的水兵可靠，士气低落的海军是全军