游时，他半开玩笑地、半认真地对同行者表示遗憾：自己生得太晚了，无论如何不能像曾经征服过埃及的亚历山大那样，在那里宣布自己是上帝或上帝之子。他在意大利作战时就经常想到埃及，他认为欧洲太小了，真正伟大的事业是在东方进行。1797年8月，他曾写信给巴黎说：“不久的将来我们会感到，要真正打垮英国，就必须占领埃及。〃因为占领埃及不仅可以骚扰英国对印度的贸易通道和整个大英帝国，而且还可变埃及为法国殖民地，从而补偿法国在西印度所丧失的殖民地。还可以为进一步征服英国财富的主要源泉印度建立有效基地。
尽管督政府认为进攻法国的老盟友土耳其苏丹的领地埃及实属不义之举，但还是同意了拿破仑远征埃及的方案。一方面，法国在战胜大陆强国奥地利之后，迫切要求同反法联盟的重新组织者英国决一雌雄；另一方面，督政府也希望战争吸引住拿破仑的旺盛精力和智慧，以免这个令人妒嫉的、野心勃勃的年轻人在巴黎和自己作对。督政府早已看出拿破仑再也不会轻易地服从自己，签订坎波福米奥和约就是一个很好的例证。特别是1797年12月1 0日欢迎他凯旋的时候，他不像一个年轻的军人那样，带着激动的、感激的心情来接受祖国对自己的颂扬，而像一个古代罗马皇帝在一次战争胜利之后去参加奴颜婢膝的议会所组织的庆祝凯旋的盛会一样，态度冷淡，阴沉威严，不声不响，把眼前的一切看成是理所当然、司空见惯的事。总之，他的态度十分令人不安。这次远征埃及，正合督政府心愿，如果得胜还朝，督政府可由此巩固自己的统治。如果战死疆场，督政府可由此去掉一块心病，他们甘愿忍受失去一位才华横溢的将领的损失。远征决定了，1798年3月5日，拿破仑被任命为埃及远征军总司令。
总司令立即展开了繁忙的准备工作：巡视海岸和海军、组织远征兵团、研究世界政治局势的一切动态以及英国纳尔逊舰队活动的一切消息。拿破仑几乎是一个个地选拔远征埃及的士兵。他认识很多士兵，他有着极为惊人的记忆力，他知道哪个士兵勇敢、坚强，但经常饮酒；哪个士兵很聪明、灵敏，但容易疲劳，因为有疝气病。为了使他的军队能在烈火般的阳光下作战，能走过炎热的、一望无边的荒芜的干旱沙漠，他必须挑选能吃苦耐劳、身体健壮的士兵。他还挑选了一批高级军官，贝尔蒂埃继续担任他的参谋长，布律埃斯海军上将担任舰队司令。除此之外，还有克莱贝尔、狄舍、拉纳、贝西埃尔、缪拉、朱诺、达武、马尔蒙等一批著名将军。约瑟芬与前夫的儿子欧仁。博阿尔内也作为拿破仑的随从副官一同前往。
出于对科学和文史的广泛兴趣，这次远征还带走了许多科学研究和工程技术人员。著名的数学家蒙日和化学家贝托莱为拿破仑挑选了数学家21名，天文学家3名，民用工程师1 7名，博物学家和矿业工程师13名，地理学家13名，火药工程师3名，建筑师3名，设计师、绘图师8名，机械师10名，雕刻家1名，翻译15名，文人10名，印刷工人22名，并带有拉丁文、希腊文和阿拉伯文的排字字模。此外，还带有丰富的图书。古希腊诗人荷马和古罗马诗人维吉尔的诗集、卢梭的《新爱洛绮丝》、歌德的《少年维特之烦恼》、《圣经》、《古兰经》、《吠陀经》、阿里昂的《亚历山大大帝》、雷纳尔的《欧洲人在东西印度开辟商业的政治和哲学史》以及伏尔泰、孟德斯鸠的著作统统都被收集在内。
5月9日，拿破仑从巴黎来到土伦，监督七军团3。7万人装船的最后准备工作。在上船前夕，他对部