，拿破仑赶到耶拿，他徒步登上耶拿城西北1英里半的兰德拉芬高地，仔细观察了敌军前哨所扼守的阵地。他命拉纳守住这块高地，以掩护耶拿附近萨勒河上的渡口。
13日夜间，大雾笼罩着萨勒河谷及其四周的高地，法军借助着这浓雾，神不知鬼不觉地整夜沿着狭窄弯曲的小路调动兵力。
正如拿破仑所料，普军13日之前在魏玛、耶拿一带集结兵力达18万人，数量对法军处绝对优势。此时若能积极迎战，尚可与法军抗衡。然而，大战即将来临，普军的战守之策仍存分歧。一种意见认为普军应转进北方，另一种意见则认为应趁法军渡河之机发动进攻。
军事会议在大本营开了9小时，久议不决。在军情紧急之际开如此冗长的会议，丧失了宝贵的战机和时间，法军得以更多地集兵，形成对耶拿的包围之势。13日，普军得知要地瑙姆堡被达武军所占，顿时震骇。布伦瑞克早无决战之意，便同意主力转进北方。普军临阵退却，无异于怯敌逃跑，这使本来就不甚明确、统一的作战计划更加混乱，士气极为低落。
法军集兵耶拿后，即作准备攻击。10月14日拂晓，天气异常寒冷，晨雾越来越浓，拿破仑由一群侍卫簇拥着，骑着马来到部队中间，检查战斗前的准备情况。他们打着火把行进，有意大声喧哗。拿破仑不时地同士兵和军官们交谈，激励他们的斗志，他一再宣称：今天气鲁士军队的处境，就和一年前奥地利军队在乌尔姆的处境一样。拿破仑走到哪里，哪里就是一片欢呼声。欢呼声穿过浓雾，传到了普军兵营，普军个个心惊胆颤，预感到厄运的来临。
6时许，拿破仑下令攻击，法军乘雾而进。拿破仑万万没想到此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北退了。战斗一开始，法军就占了上风，霍恩洛厄的几个师被打得落花流水。拉纳军继续攻击前进，霍恩洛厄命20000人排成密集的横队，向拉纳军团发起猛烈攻击。拉纳见敌众我寡，命军队采取守势。刹那间，法军不见了，只见一颗颗子弹、一串串炮火从房屋后、从果园里、从断墙边不断朝密集的普军飞来。于是，军事史上最出奇最不幸的怪事出现了：一个极为壮观的步兵阵线，在整整两个钟头内，站立在开阔地带上，任其法军无情火力的扫射，而毫无还手之力，因为他们根本找不到还击的目标。普军死伤枕藉。
霍恩洛厄见情势危急，急派人向在魏玛的吕歇尔军求援。吕歇尔军距此地仅10公里，但迟迟不至。萨克森师也未能及时投入战斗。与此同时，法军却是援兵迭至：苏尔特军团的二个师已进至拉纳军团的右翼；内伊军团精兵一部也已参战；奥热罗军团第二师进至普军右翼萨克森附近；骑兵军团五个师亦将集于战场。10时左右，浓雾消散了，和煦的阳光照耀着威武雄壮的法国部队，显得那样精神抖擞，士气高昂。普军在法军的打击下，已奄奄一息。霍恩洛厄见形势不妙，终于不顾一切，把所有预备队都投入了战斗，企图坚持到吕歇尔援军的到来。
中午12时左右，拿破仑意识到发起最后攻击的时刻到了，立即将预备队、近卫军、骑兵军全部投入战斗，向已动摇的普军猛扑过去。普军抵挡不住，沿着山坡溃逃，法军穷追猛打，普军死伤者无数。与此同时，扼守魏玛公路的三个萨克森师全被围歼。
这时，霍恩洛厄还抱着最后一丝希望，就是援军马上到来，使溃散的部队躲在援军后面，以免全军覆没。不过，吕歇尔将军可没有他那样焦急。他接到求援信后，不慌不忙地将15000人排列整齐，缓缓而行。直到下午2时，吕歇尔的先头部队才与法军遭遇。普军排着整齐的队形，迈着稳健的方步，刚刚靠近法军，还没来得及排开战斗架式，就被蜂涌而至的法军打得无法招架。15分钟内，损失兵力一半以上，幸存的普