异姓兄弟，封其为“君”，是给予了公族宗室才有的待遇。
商鞅比秦孝公年纪大，按照自然规律，他这一生是有君权做保障的，可以顺顺当当地走完。
可是，天有不测风云。秦孝公竟然死在了商鞅的前头。
秦孝公二十四年，正当壮年的秦孝公突然去世，年仅44岁。
伟大的商鞅顿失护佑！
秦孝公在死前，曾想把国家交给商鞅，让商鞅做秦国的国君，而商鞅坚辞不受。当今有人说，这是秦孝公在试探商鞅有否可能篡国；但我以为这不可能，这是秦孝公出于真心。
秦孝公是古今唯一的一位民主主义君主，只要秦国强大，管他姓嬴还是姓商。他对商鞅，始终用而不疑，没有任何掣肘与防备。
而商鞅拒绝接管秦国，也是情理之中的事。秦孝公知道：未竟的大业，只有靠自己心爱的儿子了。他临死前，把太子驷一人留在身边，命儿子给他背诵《黄鸟》诗，可能是意在让太子知道珍惜人才。
太子驷继任，是为秦惠文公。
就此，历史掀开了奇诡的一页。
太子驷的两位老师——公子虔和公孙贾，到这时已经深居宫内12年不见人了。
这是空前的险境！
但是商鞅一点也没意识到。他自负是先朝旧臣，出入仍傲慢如昔。
——人们可以忘恩，但是几乎没有可以忘记仇恨的。
所有的老世族都看准了这一转机。秦国通过变法强大了，他们不会因身为秦国人而高兴。他们是受损者，所以他们宁肯国家退回到原先的孱弱历史中去，也要否定变法，争取政治翻身。
在惠文公第一次视朝时，商鞅不知为何没有出席。第一个出来禀奏的，就是公子虔和公孙贾。
两人说：“臣闻‘大臣太重者国危，左右太重者身危’。商鞅立法治秦，秦国虽治，然而妇女儿童都说商君之法，没人说是秦国之法，今又封邑十五，位尊权重，后必谋叛。”
新君年轻，商鞅和对立派都看到了这一点。但是商鞅完全看错了，以为君主年轻就不敢轻易变更父亲的既定方针；而老世族却能看得很准，他们要用“某人功高震主”来吓唬年轻的君主。
这两派的态度在新君心中恰好形成一正一反两种感受。天平倾向哪一边，不言而喻。
秦惠文公果然上套，对两位老师说：“吾恨此贼久矣。但他是先王之臣，谋反的形迹未彰显，所以暂且容忍他。”
惠文公虽然年少，但做事还不是没有原则的，他很懂得处理问题的分寸——先君的面子要照顾，旧臣的气焰也要打掉。于是派使者去收了商鞅相印，命商鞅退归商、於。
商鞅不觉得大祸临头，反而觉得这样也好，辞朝之后，就收拾好车驾出城。他虽去职，但爵位没变，其仪仗队伍犹比诸侯。
商鞅在朝主政20年，文武百官无不出自他门下，见老主人走了，百官都来饯送，朝署为之一空。
这又给了反对派以口实。
公子虔、公孙贾密告惠文公：“商君不知悔过，僭用王者仪仗，如归商、於，必然谋叛。”
当年与商鞅辩论输了的甘龙、杜挚，也没忘20年前的耻辱，出面作证，将商鞅仪仗违规的事证实。
惠文公不由大怒，即令公孙贾率武士3000去追赶商鞅，追上了就砍脑袋，然后提他的头来见。
威权的倒台，不管后续的影响如何，都是民众的开心之日。当时百姓知道商君走了，都跑了出来，满街满巷，全在抱怨商君。一听说公孙贾要领兵去追赶，攘臂相从者，竟有数千余人之多。
当时商鞅车驾出城已有百余里，忽闻后面喊声大作，忙派人去探听，回报说：“是国君发兵追赶。”