戰爭中扮演了重要角色，其中包括閻錫山、馮玉祥、李宗仁和白崇禧，白崇禧還擔任了總參謀長。特別是馮玉祥，他從韓復榘的死中撈到好處，把韓的侄女納為妾‐‐後來馮玉祥夫人把她從家裡趕了出來。
南京陷落以後，蔣介石放棄了他所有的行政職務，他辭去行政院長之職，讓孔祥熙繼任。
從那時起，至少在一段時間裡，他曾決定集中精力進行一些軍事戰役。
其中一部分戰役取得勝利。例如，在山東南邊的八莊，日軍在現代意義上的直接戰爭中受到第一次沉重打擊，損失4．2萬人。在鄭州會戰中，國民黨用炸藥炸開黃河大堤，致使河水泛濫，幾干名日軍被淹死，洪水還吞沒了日軍許多大炮和其他裝備。
但很多無辜的百姓也在洪水中喪生‐‐到底死了多少人已無從知道。蔣介石人為地製造的洪災淹沒11個城市和4，000個村莊，共計兩千萬農民被迫離開家園。
正是諸如此類的事件使得千百萬默默無聞的農民不斷地遠離國民黨的統治，轉而熱烈地歡迎中國共產黨。
雖然蔣介石已經辭去了日常行政職務，但他希望他的最高領導地位得到確認。1938年3月29日至4月2日，國民黨在漢口召開臨時全國代表大會，適時地授予他這種權力。他當選為黨的領袖（總裁），對所有國民黨的決定擁有最後裁決的權力。
他需要一位副總裁，於是毫不猶豫地選中了他的對手汪精衛，汪很有才能，也很不可靠，但是，讓其擔任公職，接受領導比讓其逍遙自在和密謀策劃更為安全。
漢口時期一直到1938年10月告一段落，身臨其境的外國觀察員報導了這個國民黨歷史上最輝煌的階段。面對死亡的危脅和強敵入侵的壓力，在混亂中達到了一致的和諧與統一，一些作家和記者以及有才能的專家來到這個臨時作為首都的工業城市，為抗戰盡他們的一份力。國共兩黨攜手工作，在內政和軍事計劃上進行合作。
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