。不久罗曼在bō兰人的支持下重返摩尔多瓦，杀死了斯特凡二世，为父报仇，而彼得二世逃到特兰西瓦尼亚，并在特兰西瓦尼亚大公亚诺什？匈雅提的支持下杀回摩尔多瓦，罗曼一家再次流亡bō兰，不久罗曼在bō兰死去，小亚历山德鲁再次在bō兰人的帮助下重登摩尔多瓦王位，和他的另一个叔叔彼得．阿隆同掌朝政。
事情还没有完，老亚历山德鲁的一个sī生子，名叫博格丹的，在亚诺什？匈雅提的支持下起兵反抗，当上摩尔多瓦大公，称博格丹二世，他就是斯特凡三世的父亲。彼得．阿隆和小亚历山德鲁又逃亡到bō兰去了，后来彼得？阿隆在bō兰招兵买马，在一个丰收节的夜晚率军杀回摩尔多瓦，在一个叫雷乌塞尼的村子抓住了正在参加丰收节舞会的博格丹二世并砍下他的脑袋，当时斯特凡也参加了这个舞会，但是他趁着混乱侥幸逃脱了，和他的母亲奥尔蒂娅逃亡的她的娘家瓦拉几亚公国。
1457年斯特凡在瓦拉几亚大公弗拉德三世的支持下招募了1000多军队回到摩尔多瓦，回来后大量的摩尔多瓦人赶来投奔，军队很快就增加到6000人，4月11rì黄昏，军队到达罗曼城外，而彼得？阿隆的军队部署在塞列特河西岸的多尔衮什蒂乡，斯特凡下令采取快速机动实施包抄，在次rì发起进攻，阿隆大败，率领少数几个亲信贵族逃亡bō兰，到此，摩尔多瓦结束了26年的政局动dàng，斯特凡登上了摩尔多瓦大公的位置。
斯特凡登上王位后，开始整理残破的国家，首先写信给那些依附阿隆而逃亡的贵族，保证只要弃旧从新，就不再追究责任；其次建立法纪，恢复了老亚历山德鲁的依靠拜占庭的法律治理的做法；再次，就是发展宗教，修撰历史，编写了大量宗教书籍，建立了多座修道院，编撰了第一部斯拉夫文的《摩尔多瓦编年史》；同时发展经济，斯特凡把萨克逊的著名酿酒专家黄尔丁请到赫尔勒乌郡的科特纳里葡萄园，酿出了一种叫阿尔马什的醇美的葡萄酒，到今天，葡萄酒仍然是摩尔多瓦的特产。
阿隆逃走了，斯特凡的位置还并不巩固，所以大公派兵攻打bō兰和摩尔多瓦交界的城堡，收复了bō兰占领的霍亭堡，给bō兰施加了压力，迫使bō兰放弃庇护阿隆，阿隆就逃亡到匈牙利去了。匈牙利国王，年轻的马加什一世对摩尔多瓦抱有野心，企图扶持阿隆复位，1465年1月26rì，斯特凡大公决定先发制人，攻下了匈牙利战略要地基利亚。两年后的11月，马蒂亚什国王统帅4万军队越过喀尔巴阡山入侵摩尔多瓦，到12月已经深入到罗曼附近，开始考虑攻打摩尔多瓦首都苏恰瓦，但是不见摩尔多瓦主力的影子，而且补给也越来越困难，因为斯特凡大公采取了坚壁清野的战术（这是斯特凡大公对付入侵者最常用的战术），而天气一天比一天冷。在一个叫巴亚的地方，12月14rì午夜匈牙利军队遭到突袭，全军陷入混乱，一万两千名摩尔多瓦军队在匈牙利的大营内放火烧杀，国王的军队全军溃散，战斗持续了三天，国王身中三箭，被亲信抬着逃回匈牙利。1469年chūn，斯特凡大公对流亡在特兰西瓦尼亚的三堡郡的阿隆发动了进攻（马加什一世也是特兰西瓦尼亚大公，他的父亲就是亚诺什？匈雅提），终于在奥尔比克乡抓住并杀死了阿隆，至此斯特凡的心病了了。
在斯特凡生活的时代之前和之后的几百年间，正是奥斯曼帝国的扩张时期，在1396年的尼科堡会战中匈牙利国王西吉斯méng德率领的几万基督教十字军被巴耶塞特一世的土耳其军队打败，巴耶济德一世乘胜势席卷巴尔干，包括萨洛尼卡、伊庇鲁斯等名城都被攻占，巴尔干地区只剩君士坦丁堡和伯罗奔尼撒半岛的部分地区未被占领。对基督教诸国幸运的是中亚的帖木尔的崛起延缓了土耳其扩张的脚步。在1402年7月20rì安卡拉战