然而，沉思边界——可以说是个虚空之界，但又并非如此。
沉思边界由方圆组成，外圆内方，直径六十米。它与外界有一层一米厚的墙，可以从里面看到外面，但不能从外面看到里面，可以从里面听到外面的任何声音，但外面却听不到里面的任何声音。总之，外面的一举一动，都能在里面了如指掌，通过视像监测看得一清二楚。
沉思边界的上空是固定的形状，如天穹一样。外面一进入到里面会见到一个四方空间，拥有四面墙壁。从门中进来的这面墙壁可以用来播放高清晰光电立体信息，如光影视像，而其他三面墙壁也能显示出影像，除此之外还可以通透得让气体分子向里或向外自由地流动，不过直径较大的一些分子气体则不行。
而且这些墙壁在系统调控下可以变化多端，层层相铺，可以相互转换叠加，消失或生成任何形状的隔离墙壁。从上空往下看，它们可以变为方形，或圆环形，或如一点向四面裂开的多角隔离空间，只要根据自己的喜好随时都能变化。
然而这种虚空型墙壁是由无数的虚拟光影粒子结合而成的，一般在没有解开控制的情况下，人体不可以直接从墙壁这一头穿越到那一头，虽然撞上去不会疼痛，但人体和墙壁接触的那一刹那，人体会被静止下来，不能前进，如被墙壁放射出来的肉眼看不到的粒子索线捆绑住一样，动弹不得。空间的大多数景观都是通过这种虚拟光影粒子变化而来。
沉思边界与外界隔绝开来后，能阻挡外部的一切信号，外界的空气需要通过九十九道净化程序，变为纯净无杂的空气才能进入里面。除了长生、祖慧和宇主三人之外，外部的人无人知晓这个空间——可以看出三人的关系亲近无隙。
在宇国，长生知道的隐蔽空间只有四个，沉思边界是其中之一，属于长生在使用。宇主把沉思边界交付给他时还对他说这是为他建造的宇国唯一的隐蔽空间，可以用来避难、学习或锻炼技能，只有他一人能从里面进出。不过，至今为止，虽说只有长生才能通过自身的基因密码自由地进出此地，但宇主和祖慧也可以用自己的密码进入两人空间，因为宇主早就掌握了两个孩子体内的基因密码，祖慧早就与他亲密无间。
不过，当时长生还不知道宇国有另外三个隐蔽空间，到后来，才逐渐知道宇主也给祖慧建造了一个隐蔽的空间：学思边界——这个空间在宇国的另一端，和沉思边界的相向相反。除此之外，宇主还建造了二个更为隐蔽的空间，一个是国宇中心，它在宇国广场下方的正中心位置，长生去过两次；还有一个就是圆梦中心，与长生的沉思边界靠得比较近。但圆梦中心除了宇主知道之外，长生和祖慧都不知道宇国存在这个极度隐蔽的空间。可见，圆梦中心在宇国是属于第一隐蔽的空间了。
当宇主对长生说沉思边界还有祖慧也可以进去时，他早已看好了徒弟长生的前程，以及长生的基因——宇国生化人中最为优良的基因。他是宇国的最佳基因原材料人选。当然他希望自己的女儿与最优秀的徒弟有一天能够结成一对眷侣，以此遗传下更为优良的基因，自然而然地生下更加优良的后代，这样的配对才极其完美。
宇主在2606年亲自把沉思边界打造出来。随着长生长大，一直与祖慧在一起，宇主想长生从研究发明室出来之后已经通过了一切考核，总不能让他住集体房间吧，需要为他安排私人空间才能适合他的成长。
不过，长生每当烦恼或需要完成高强度技能学习达到最后冲刺的时候，他总会来到沉思边界，如古代的人所说的闭关修炼。长生渐渐明白，这是一种独立精神的心灵被打开时的状态，心灵世界被开启后，强大力量都会往心灵的里面或外面流动。这时候，学习便会畅通无阻，无往不利，心灵中的境界也会因此提高数倍。
可是