在成功击退暗渊族之后，联邦看似迎来了一段相对稳定的发展时期，但实际上，在科技与文化的进一步发展进程中，仍面临着诸多棘手的困难。
在科技研发方面，尽管之前取得了生物能与机甲结合的初步成果，但要实现完全成熟且稳定的机甲智能化与生物能深度融合，依旧障碍重重。生物能的采集与储存技术难以满足大规模机甲量产的需求，特殊的生物细胞培养环境极为苛刻，且培养周期漫长，这使得生物能的供应成为了限制机甲发展的瓶颈。此外，生物能与量子能在复杂环境下的协同运作机制尚未完全明晰，一旦遭遇高强度战斗或特殊宇宙现象的干扰，机甲的能量系统极易出现失衡甚至崩溃，给驾驶员带来巨大的生命危险。
联邦试图开发一种新型的能量稳定器，以解决这一问题。科学家们经过无数次的实验和模拟，提出了一种基于多元能量场共振原理的设计方案。然而，在实际制造过程中，却发现所需的关键材料在宇宙中极其稀有，且分布极为分散，难以获取足够的数量来进行大规模生产。这导致能量稳定器的研发进度缓慢，机甲技术的整体升级也因此受到了严重的拖累。
在探索更高级的宇宙航行技术时，联邦遭遇了空间折叠理论应用的困境。虽然理论上空间折叠能够实现超远距离的瞬间跃迁，极大地缩短宇宙航行时间，但在实际操作中，精确的空间坐标定位和巨大的能量消耗成为了难以逾越的难关。每次进行空间折叠实验，都需要耗费联邦大量的能源储备，且由于空间坐标的微小偏差，实验飞船往往会偏离预定目标，甚至陷入未知的空间乱流之中，面临着船毁人亡的危险。这使得空间折叠技术始终停留在实验室阶段，无法真正应用于实际的宇宙航行和军事战略部署。
在文化传承与发展方面，尽管林羽、艾丽等英雄的事迹广泛传播，但随着时间的推移，一些负面现象也逐渐浮现。部分商业利益集团为了追求经济利益，开始对英雄事迹进行过度商业化包装和歪曲解读。他们制作的一些文化作品为了迎合市场低俗趣味，将英雄形象恶搞或进行不恰当的情感渲染，严重损害了英雄形象在民众心中的神圣性和庄严感。这引发了社会各界对于英雄文化传承真实性和纯洁性的激烈争论，导致民众在英雄文化认知上出现了混乱和分歧。
同时，随着联邦与众多外星文明的交流日益频繁，文化冲突问题也日益凸显。不同文明之间的价值观、道德观、宗教信仰和社会习俗存在着巨大差异，这些差异在文化交流和融合过程中引发了大量的矛盾和误解。例如，某些宗教信仰强烈的文明对于联邦文化作品中一些涉及科学探索和人类自由意志表达的内容视为亵渎神灵，坚决抵制；而联邦内部一些民众也对某些外星文明的特殊习俗，如身体改造、多配偶制等难以接受，甚至产生了排外情绪。这些文化冲突不仅影响了联邦与外星文明之间的友好合作关系，也在联邦内部社会造成了文化分裂和社会动荡的隐患。
为了解决科技研发中的材料短缺问题，联邦启动了一项大规模的宇宙资源勘探计划。他们组织了多支专业的勘探队伍，配备最先进的探测设备，深入宇宙各个角落寻找所需的关键材料。这一过程充满了艰辛和危险，勘探队员们不仅要面对宇宙中的各种恶劣环境，如超强辐射区域、陨石带撞击风险、外星生物的威胁等，还要应对来自其他势力对于资源争夺的挑战。在一次资源丰富的小行星带勘探行动中，联邦勘探队就遭遇了宇宙海盗的袭击。这些宇宙海盗驾驶着改装后的强大战舰，利用小行星带复杂的地形进行伏击。联邦勘探队在战斗中损失惨重，多艘勘探飞船被摧毁，许多队员英勇牺牲。但他们最终凭借着顽强的意志和出色的战斗技巧，成功击退了海盗，获取了一部分珍贵的资源样本。
在应对文化冲突方面，联邦成立了专门的跨文化交流