须付钱……不得抢夺和辱骂埃及人。我们必须和他们交朋友，我们的战争矛头只能对准马穆鲁克”。在拿破仑宣布了一系列的法令和公告之后，亚历山大的###教法典说明官和酋长签署了一份表示支持法国新政权的庄严声明。拿破仑征服埃及的宏图大业正式开始了。
安全地占领了城池，守住了城门之后，法国人才看清他们周围是个什么状况。“可怕的沙漠，四处都见不到有生命的东西，白天骄阳似火，夜晚异常寒冷。” 后继登陆的军队在马拉布特海滩露营，形势更加严峻。“我们缺乏所有的东西。既没有食物（除了从法国带来的干粮之外），也没有水壶和炊具，何况我们也根本找不到水。”无论是城内还是城外，欧洲人都顿时陷入了像《一千零一夜》所描述的神秘境界之中。食物的问题需要待法军的后勤部队在数周登陆之后才能解决，但埃及这片土地本身就是一个最大的难题。
第七章 法老的领地（3）
亚历山大港是埃及惟一的一座大海港。它实际上是坐落在一系列沙丘形成的长条形的土地之上，只有英里宽，数英里长，城市面对地中海，后面是干枯的马里奥提斯湖的湖床和两个咸水湖——阿布基尔湖和埃迪库湖。这些咸水湖又将这座城市和内陆完全隔离，只有阿布基尔湖和马里奥提斯湖之间的窄窄的堤道和一条大运河将亚历山大和尼罗河上的拉马尼亚相连，成为这个海港通往尼罗河和开罗的惟一通道。
这片一望无际的开阔地形并没有使担心伏兵的法国人松一口气：湖泊的周围全是沙漠，埃迪库湖周围则是大片的沼泽地。继续向内陆行进几英里之后，沿亚历山大港到拉马尼亚的运河（一年有半年是干枯的）边，偶尔可以找到一些棕榈树和田野、村庄和部落，包括比尔凯特和达曼胡尔。亚历山大港朝东40英里，沿埃及海岸便是尼罗河的支流罗塞塔的入口。朝西除了一望无际的沙漠没有别的。亚历山大港的地形十分险峻，只要扼守住海港后面的堤道和运河便切断了埃及惟一通往地中海的出口（1801年，英国海军就是这样从法国人手中夺取亚历山大港的）。
当法国军队进入这座由亚历山大大帝创建的、曾经因其文化繁荣而盛极一时的古城时，发现几个世纪的沧桑岁月已经使这座古城衰败凋零了。当陆军上校洛吉尔通过庞贝门时，在他缺乏想像的眼中，看到的是：“很难想像还有比这座城市更加丑陋的地方了，没有任何往昔的辉煌和天才创建者所遗留的任何痕迹……几乎每所破烂房屋的大门上都留下了只知破坏不知保护的专制独裁者的印记。民房破败，无人修缮……另有一半就完全是废墟了。”
由于害怕英国海军的突然袭击，拿破仑命令剩下的军队尽快登陆；但由于天气恶劣，计划执行得很不顺利，几乎一半以上的人和大部分马匹、大炮、装备和食物都暂时无法登陆。在开始登陆24小时内，上岸的部队处于极其混乱的状态；由于缺乏良好的组织，这种混乱状态延续了数日甚至数周，大量人员死于饥渴。
7月3日早上5点，还有两个师尚未登陆，拿破仑召集了所有的炮兵军官和工程兵军官。他们从亚历山大的指挥部出发进行考察，在全城检查了水源和食物供应情况、堡垒和新建的法国守军兵营。尽管困难重重，拿破仑还是决定尽快完成这里的工作以便进军开罗；如果要一鼓作气打败马穆鲁克，时间是非常重要的因素。他在贝尔蒂埃的得力帮助下对这个城市进行组织，同时在到达埃及的第6天他就委任马嘉隆和普西格（Poussielgue）负责征税的事务。他安排过去的穆斯林首领重新回到传统的职位上，同时这座城市要由军事法律监管。军队完成登陆和整编，防务做了新安排，但由于拿破仑没有进行有效的侦察、收集情报和做好后勤计划，远征军所遭到的损失比与敌军对阵更为惨重。