在军校，他作为享受“国王赐予的全额奖学金”的学生，并没有使他和另外109名学员有何不同，因为有一半学员都享有同等待遇。但是，他那矮小的个子、他那有限的并带有浓重科西嘉口音的法语、他那傲慢好斗的性格以及对占领他亲爱祖国的法国人的愤怒使他鹤立鸡群。由于骄傲、暴躁、有时凶悍并始终自知自己是圈外人，他没有真正的亲密朋友；连可以交谈一下的人也屈指可数，路易·德·布列纳⑥是其中之一。生性孤僻的拿破仑现在越发孤独，因此，不可避免地成了所有寄宿学校都能找到的那种备受欺凌的对象。考虑到在家时性情温和、谦逊、平易近人的哥哥约瑟夫总是让他三分，在这里他偶尔卷入恶斗就并不奇怪了。这是地地道道的军营生活。
但是，撇开这些不尽如人意之处，布里埃纳军校的确为拿破仑打开了一个崭新的、在科西嘉所无法企及的世界。除了数学、古代史、地理、拉丁文学（多半是法文译本）、德文和自然科学外，他还要学习社交礼仪和舞蹈音乐课，这是他感到最受拘束的课程。和军校的其他少年不同，拿破仑深知离开了自己的努力，他在这个世界上将一无所获，他的成熟远远超过他的年龄。虽说他父亲现在已经是科西嘉驻凡尔赛的代表，但依然囊中羞涩。
幸运的是拿破仑对个人财富并无多大兴趣。相反，如他所说的那样，他决定回去将科西嘉从法国的“奴役”中解放出来。“甚至在那时我就相信我的意志力注定会使我成功的。” 他这样说道，早在9岁时他已经是一个热情追随英雄保利的热忱的爱国者了。为了取得成功——他毫不怀疑自己将取得成功——他需要充分利用军校提供的一切优越性，无论多么谦卑也在所不惜。
拿破仑的法语需要特别辅导，命中注定他的法语总是带有不协调的科西嘉口音，他沉迷于古代史，如饥似渴地阅读西塞罗⑦、维吉尔⑧、泰西塔斯⑨、斯维托尼亚⑩、贺瑞斯和普罗塔克生平的译本。“拿破仑和我分享他的读物。”他的哥哥约瑟夫谈道，“他读的总是有关古代和现代历史问题的书籍。虽然我读的书不如他的严肃，我还是在信中告诉他我读的书籍。” 约瑟夫喜欢读史诗以及关于高卢之战和国内战争的《恺撒纪事》。拿破仑还热衷于两门学科：地理和数学，这两门成绩他都超过他的哥哥。拿破仑的一位数学教师是个严格的人，名叫让·夏尔·皮什格鲁，他没过几年就投笔从戎了（大革命期间，他指挥军队攻占荷兰，后来荷兰由拿破仑交给他的二弟掌管）。除了每年应邀到布里埃纳城堡庆贺国王的生日之外，拿破仑很少离开军校森严的石头高墙。在充满敌意的法国，他也无意外出。他只是埋头苦读。
法国少年们奚落拿破仑，讥笑关于他的每一件事，包括他古怪的名字。拿破仑，在法语中其读音类似“la paille…au…nez（鼻子上的稻草）”，于是他们一连这样叫了他好几个月。然而，他付之一笑，并不计较，却更加发奋苦读。他也不和抓住一切机会嘲笑他的少年们玩耍。“总有一天，我会让你们法国人付出代价的！”他总是以牙还牙地挥动他小小的拳头，这只能使少年们更加起劲地奚落他。他在班上常常无礼而直率。有一次，拿破仑因不服从管教受到教官处罚，命令他脱下制服，换上一身褴褛的衣衫，当着109名嘻嘻窃笑的同学跪在地上吃晚饭。拿破仑不从。“我要站着吃，先生，绝不下跪！”他抗议道，“在我家中，我们只对上帝下跪！”他顽强地站着，一顿暴打使他顿时鼻青脸肿、浑身发抖、失去控制地呕吐起来。校方领导撤销了处罚，亢奋的拿破仑被带回了寝室。后来他又遭到过许多比这严重得多的袭击，特别是在他精疲力竭和异常紧张的时候。
皇家军校的检察官一年一度检查每个学生的学科成绩，检查结果将决定少年们的前程。有关拿破仑的报告各说不一。