建立东晋，王敦的地位也不断提升。
举兵叛乱：晋元帝司马睿建立东晋后，重用刘隗、刁协等人以压制士族门阀势力，引起王敦不满。永昌元年（322年），王敦以诛杀刘隗为名率部起兵，党羽沈充起兵响应。王敦击败朝廷军队，攻入石头城，诛杀异己。晋元帝司马睿任命其为丞相，进爵为武昌郡公。太宁元年（323年），晋明帝司马绍继位，王敦移驻姑孰，并自领扬州牧。
叛乱平息：太宁二年（324年），王敦再次密谋叛乱，但在晋明帝司马绍征讨时，他因病重无法指挥。王敦之乱最终被平定，王敦在愤恨中去世。
2. 人物评价：
正面方面：在魏晋时期，王敦的军事才能较为突出，曾成功镇压多次叛乱，为东晋的稳定立下功劳。他也是一位文人，与当时的文化名流有着广泛的交往，在文化上有一定的造诣。
负面方面：王敦对待上级和同僚的态度不佳，对上司缺乏应有的尊重。他野心过大，企图篡位称帝，发动两次叛乱，给东晋朝廷带来极大的动荡，使他在死后留下千古骂名。但也不能完全算是千古骂名吧。毕竟，我们评价一个历史人物要分两面来看。
总的来说，王敦是东晋时期一个极具争议的人物，他的行为和决策对东晋的政治局势产生了深远的影响。